bp_bin/remove_mysql_tables

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Remove MySQL database tables.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Common;
  33 use Maasha::SQL;
  34 use Maasha::UCSC;
  35
  36
  37 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  38
  39
  40 my ( $options, $user, $password, $in, $out, $record, %table_hash, $dbh, $table );
  41
  42 $user     = Maasha::Biopieces::biopiecesrc( "MYSQL_USER" );
  43 $password = Maasha::Biopieces::biopiecesrc( "MYSQL_PASSWORD" );
  44
  45 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  46     [
  47         { long => 'database', short => 'd', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef,     allowed => undef, disallowed => undef },
  48         { long => 'tables',   short => 't', type => 'list',   mandatory => 'no',  default => undef,     allowed => undef, disallowed => undef },
  49         { long => 'keys',     short => 'k', type => 'list',   mandatory => 'no',  default => undef,     allowed => undef, disallowed => undef },
  50         { long => 'user',     short => 'u', type => 'string', mandatory => 'no',  default => $user,     allowed => undef, disallowed => undef },
  51         { long => 'password', short => 'p', type => 'string', mandatory => 'no',  default => $password, allowed => undef, disallowed => undef },
  52     ]
  53 );
  54
  55 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  56 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  57
  58 Maasha::Common::error( qq(both --tables and --keys specified) ) if     $options->{ "tables" } and     $options->{ "keys" };
  59 Maasha::Common::error( qq(no --tables or --keys specified) )    if not $options->{ "tables" } and not $options->{ "keys" };
  60
  61 $options->{ "user" }     ||= Maasha::UCSC::ucsc_get_user();
  62 $options->{ "password" } ||= Maasha::UCSC::ucsc_get_password();
  63
  64 map { $table_hash{ $_ } = 1 } @{ $options->{ 'tables' } };
  65
  66 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  67 {
  68     map { $table_hash{ $record->{ $_ } } = 1 } @{ $options->{ 'keys' } };
  69
  70     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ 'no_stream' };
  71 }
  72
  73 $dbh = Maasha::SQL::connect( $options->{ "database" }, $options->{ "user" }, $options->{ "password" } );
  74
  75 foreach $table ( sort keys %table_hash )
  76 {
  77     if ( Maasha::SQL::table_exists( $dbh, $table ) )
  78     {
  79         print STDERR qq(Removing table "$table" from database "$options->{ 'database' }" ... ) if $options->{ 'verbose' };
  80         Maasha::SQL::delete_table( $dbh, $table );
  81         print STDERR "done.\n" if $options->{ 'verbose' };
  82     }
  83     else
  84     {
  85         print STDERR qq(WARNING: table "$table" not found in database "$options->{ 'database' }\n");
  86     }
  87 }
  88
  89 Maasha::SQL::disconnect( $dbh );
  90
  91 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  92 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  93
  94
  95 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  96
  97
  98 BEGIN
  99 {
 100     Maasha::Biopieces::status_set();
 101 }
 102
 103
 104 END
 105 {
 106     Maasha::Biopieces::status_log();
 107 }
 108
 109
 110 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 111
 112
 113 __END__