bp_bin/remove_keys

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Removes specified keys from records in stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31
  32
  33 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  34
  35
  36 my ( $run_time_beg, $run_time_end, $options, $in, $out, $record, $new_record );
  37
  38 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  39     [
  40         { long => 'keys',      short => 'k', type => 'list', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  41         { long => 'save_keys', short => 'K', type => 'list', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  42     ]
  43 );
  44
  45 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  46 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  47
  48 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  49 {
  50     if ( $options->{ "keys" } )
  51     {
  52         map { delete $record->{ $_ } } @{ $options->{ "keys" } };
  53     }
  54     elsif ( $options->{ "save_keys" } )
  55     {
  56         map { $new_record->{ $_ } = $record->{ $_ } if exists $record->{ $_ } } @{ $options->{ "save_keys" } };
  57
  58         $record = $new_record;
  59     }
  60
  61     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if keys %{ $record };
  62 }
  63
  64
  65 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  66
  67
  68 BEGIN
  69 {
  70     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
  71
  72     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
  73 }
  74
  75
  76 END
  77 {
  78     Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  79     Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  80
  81     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
  82
  83     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
  84 }
  85
  86
  87 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  88
  89
  90 __END__
  91