bp_bin/remove_indels

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Remove indels from sequences in the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31
  32
  33 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  34
  35
  36 my ( $options, $in, $out, $record );
  37
  38 $options = Maasha::Biopieces::parse_options();
  39
  40 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  41 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  42
  43 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  44 {
  45     $record->{ 'SEQ' } =~ tr/-~.//d if $record->{ "SEQ" };
  46
  47     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  48 }
  49
  50
  51 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  52
  53
  54 BEGIN
  55 {
  56     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
  57
  58     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
  59 }
  60
  61
  62 END
  63 {
  64     Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  65     Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  66
  67     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
  68
  69     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
  70 }
  71
  72
  73 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  74
  75
  76 __END__
  77