bp_bin/remove_illumina_adaptor

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Remove adaptors or parts thereof from sequences in the stream.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31
  32 require 'biopieces'
  33 require 'seq'
  34 require 'profile'
  35
  36 casts = []
  37 casts << {:long=>'adaptor',    :short=>'r', :type=>'string', :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  38 casts << {:long=>'mismatches', :short=>'m', :type=>'uint',   :mandatory=>false, :default=>20,  :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  39 casts << {:long=>'insertions', :short=>'i', :type=>'uint',   :mandatory=>false, :default=>10,  :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  40 casts << {:long=>'deletions',  :short=>'d', :type=>'uint',   :mandatory=>false, :default=>10,  :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  41
  42 bp = Biopieces.new
  43
  44 options = bp.parse(ARGV, casts)
  45
  46 bp.each_record do |record|
  47   if record.has_key? :SEQ
  48     entry = Seq.new(record[:SEQ_NAME], record[:SEQ], record[:TYPE], record[:SCORES])
  49
  50     if match = entry.adaptor_find(options[:adaptor], options[:mismatches], options[:insertions], options[:deletions])
  51       record[:POS] = match.pos
  52     end
  53   end
  54
  55   bp.puts record
  56 end
  57
  58
  59 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  60
  61
  62 __END__