bp_bin/remove_adaptor

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Locates and removes a specified adaptor sequence from sequences in stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::Common;
  32
  33
  34 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  35
  36
  37 my ( $options, $in, $out, $record, $adaptor, $seq, $adaptor_len,
  38      $seq_len, $offset, $max_match, $max_mismatch, $pos );
  39
  40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  41     [
  42         { long => 'adaptor',    short => 'a', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef,   allowed => undef,               disallowed => undef },
  43         { long => 'mismatches', short => 'm', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => 0,       allowed => undef,               disallowed => undef },
  44         { long => 'offset',     short => 'o', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => 1,       allowed => undef,               disallowed => 0 },
  45         { long => 'remove',     short => 'r', type => 'string', mandatory => 'no',  default => 'after', allowed => 'before,after,skip', disallowed => undef },
  46     ]
  47 );
  48
  49 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  50 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  51
  52 $max_mismatch = $options->{ "mismatches" };
  53 $offset       = $options->{ "offset" };
  54
  55 if ( not defined $offset ) {
  56     $offset = 0;
  57 } else {
  58     $offset--;
  59 }
  60
  61 $adaptor     = uc $options->{ "adaptor" };
  62 $adaptor_len = length $adaptor;
  63
  64 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  65 {
  66     if ( $record->{ "SEQ" } )
  67     {
  68         $seq     = uc $record->{ "SEQ" };
  69         $seq_len = length $seq;
  70
  71         $pos = Maasha::Common::index_m( $seq, $adaptor, $seq_len, $adaptor_len, $offset, $max_mismatch );
  72
  73         $record->{ "ADAPTOR_POS" } = $pos;
  74
  75         if ( $pos >= 0 and $options->{ "remove" } ne "skip" )
  76         {
  77             if ( $options->{ "remove" } eq "after" )
  78             {
  79                 $record->{ "SEQ" }     = substr $record->{ "SEQ" }, 0, $pos;
  80                 $record->{ "SEQ_LEN" } = $pos;
  81             }
  82             else
  83             {
  84                 $record->{ "SEQ" }     = substr $record->{ "SEQ" }, $pos + $adaptor_len;
  85                 $record->{ "SEQ_LEN" } = length $record->{ "SEQ" };
  86             }
  87         }
  88
  89         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  90     }
  91     else
  92     {
  93         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  94     }
  95 }
  96
  97 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  98 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  99
 100
 101 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 102
 103
 104 BEGIN
 105 {
 106     Maasha::Biopieces::status_set();
 107 }
 108
 109
 110 END
 111 {
 112     Maasha::Biopieces::status_log();
 113 }
 114
 115
 116 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 117
 118
 119 __END__