bp_bin/read_tab

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Read tabular data.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Filesys;
  31 use Maasha::Fasta;
  32 use Maasha::Biopieces;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, $in, $out, $record, $data_in, $num, $skip, $line, @fields, @fields2, $i );
  39
  40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  41     [
  42         { long => 'data_in', short => 'i', type => 'files!', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43         { long => 'delimit', short => 'd', type => 'string', mandatory => 'no', default => '\s+', allowed => undef, disallowed => undef },
  44         { long => 'cols',    short => 'c', type => 'list',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  45         { long => 'keys',    short => 'k', type => 'list',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  46         { long => 'skip',    short => 's', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => '0',   allowed => undef, disallowed => undef },
  47         { long => 'num',     short => 'n', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => '0' },
  48     ]
  49 );
  50
  51 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  52 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  53
  54 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) ) {
  55     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  56 }
  57
  58 if ( $options->{ 'data_in' } )
  59 {
  60     $data_in = Maasha::Filesys::files_read_open( $options->{ 'data_in' } );
  61
  62     $num  = 1;
  63     $skip = $options->{ 'skip' };
  64
  65     while ( $line = <$data_in> )
  66     {
  67         if ( $skip )
  68         {
  69             $skip--;
  70             next;
  71         }
  72
  73         next if $line =~ /^#|^$/;
  74
  75         chomp $line;
  76
  77         undef $record;
  78         undef @fields2;
  79
  80         @fields = split /$options->{'delimit'}/, $line;
  81
  82         if ( $options->{ "cols" } ) {
  83             map { push @fields2, $fields[ $_ ] } @{ $options->{ "cols" } };
  84         } else {
  85             @fields2 = @fields;
  86         }
  87
  88         for ( $i = 0; $i < @fields2; $i++ )
  89         {
  90             if ( $options->{ "keys" }->[ $i ] ) {
  91                 $record->{ $options->{ "keys" }->[ $i ] } = $fields2[ $i ];
  92             } else {
  93                 $record->{ "V" . $i } = $fields2[ $i ];
  94             }
  95         }
  96
  97         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  98
  99         last if $options->{ "num" } and $num == $options->{ "num" };
 100
 101         $num++;
 102     }
 103
 104     close $data_in;
 105 }
 106
 107 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 108 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 109
 110
 111 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 112
 113
 114 BEGIN
 115 {
 116     Maasha::Biopieces::status_set();
 117 }
 118
 119
 120 END
 121 {
 122     Maasha::Biopieces::status_log();
 123 }
 124
 125
 126 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 127
 128
 129 __END__