bp_bin/read_tab

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Read tabular data.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Filesys;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32
  33
  34 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  35
  36
  37 my ( $options, $in, $out, $record, $data_in, $num, $skip, $line, @fields, @fields2, $i );
  38
  39 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  40     [
  41         { long => 'data_in', short => 'i', type => 'files!', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  42         { long => 'delimit', short => 'd', type => 'string', mandatory => 'no', default => '\s+', allowed => undef, disallowed => undef },
  43         { long => 'cols',    short => 'c', type => 'list',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44         { long => 'keys',    short => 'k', type => 'list',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  45         { long => 'skip',    short => 's', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => '0',   allowed => undef, disallowed => undef },
  46         { long => 'num',     short => 'n', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => '0' },
  47     ]
  48 );
  49
  50 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  51 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  52
  53 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) ) {
  54     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  55 }
  56
  57 if ( $options->{ 'data_in' } )
  58 {
  59     $data_in = Maasha::Filesys::files_read_open( $options->{ 'data_in' } );
  60
  61     $num  = 1;
  62     $skip = $options->{ 'skip' };
  63
  64     while ( $line = <$data_in> )
  65     {
  66         if ( $skip )
  67         {
  68             $skip--;
  69             next;
  70         }
  71
  72         next if $line =~ /^#|^$/;  # skip comment lines beginning with # and skip empty lines.
  73
  74         chomp $line;
  75
  76         undef $record;
  77         undef @fields2;
  78
  79         @fields = split /$options->{'delimit'}/, $line;
  80
  81         if ( $options->{ "cols" } ) {
  82             map { push @fields2, $fields[ $_ ] } @{ $options->{ "cols" } };
  83         } else {
  84             @fields2 = @fields;
  85         }
  86
  87         for ( $i = 0; $i < @fields2; $i++ )
  88         {
  89             if ( $options->{ "keys" }->[ $i ] ) {
  90                 $record->{ $options->{ "keys" }->[ $i ] } = $fields2[ $i ];
  91             } else {
  92                 $record->{ "V" . $i } = $fields2[ $i ];
  93             }
  94         }
  95
  96         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  97
  98         last if $options->{ "num" } and $num == $options->{ "num" };
  99
 100         $num++;
 101     }
 102
 103     close $data_in;
 104 }
 105
 106 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 107 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 108
 109
 110 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 111
 112
 113 BEGIN
 114 {
 115     Maasha::Biopieces::status_set();
 116 }
 117
 118
 119 END
 120 {
 121     Maasha::Biopieces::status_log();
 122 }
 123
 124
 125 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 126
 127
 128 __END__