bp_bin/read_stockholm

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Read Stockholm entries from one or more files.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::Filesys;
  32 use Maasha::Stockholm;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $run_time_beg, $run_time_end, $options, $in, $out, $record, $num, $entry, $data_in, $record_anno, $key, $seq, $record_align );
  39
  40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  41     [
  42         { long => 'data_in', short => 'i', type => 'files!', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43         { long => 'num',     short => 'n', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => '0' },
  44     ]
  45 );
  46
  47 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  48 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  49
  50 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) ) {
  51     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  52 }
  53
  54 if ( $options->{ 'data_in' } )
  55 {
  56     $data_in = Maasha::Filesys::files_read_open( $options->{ 'data_in' } );
  57
  58     $num = 1;
  59
  60     while ( $entry = Maasha::Stockholm::get_stockholm_entry( $data_in ) )
  61     {
  62         $record = Maasha::Stockholm::parse_stockholm_entry( $entry );
  63
  64         undef $record_anno;
  65
  66         foreach $key ( keys %{ $record->{ "GF" } } ) {
  67             $record_anno->{ $key } = $record->{ "GF" }->{ $key };
  68         }
  69
  70         $record_anno->{ "ALIGN" } = $num;
  71
  72         Maasha::Biopieces::put_record( $record_anno, $out );
  73
  74         foreach $seq ( @{ $record->{ "ALIGN" } } )
  75         {
  76             undef $record_align;
  77
  78             $record_align = {
  79                 SEQ_NAME  => $seq->[ 0 ],
  80                 SEQ       => $seq->[ 1 ],
  81             };
  82
  83             Maasha::Biopieces::put_record( $record_align, $out );
  84         }
  85
  86         goto NUM if $options->{ "num" } and $num == $options->{ "num" };
  87
  88         $num++;
  89     }
  90
  91     close $data_in;
  92 }
  93
  94
  95
  96 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  97
  98
  99 BEGIN
 100 {
 101     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
 102
 103     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
 104 }
 105
 106 END
 107 {
 108     Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 109     Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 110
 111     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
 112
 113     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
 114 }
 115
 116
 117 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 118
 119
 120 __END__