bp_bin/read_solexa

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Read Solexa entries from one or more files.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::Filesys;
  32 use Maasha::Solexa;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, $in, $out, $record, $data_in, $num, $entry, @seqs, @scores, $i );
  39
  40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  41     [
  42         { long => 'data_in', short => 'i', type => 'files!', mandatory => 'no', default => undef,   allowed => undef,           disallowed => undef },
  43         { long => 'num',     short => 'n', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => undef,   allowed => undef,           disallowed => '0' },
  44         { long => 'format',  short => 'f', type => 'string', mandatory => 'no', default => 'octal', allowed => 'octal,decimal', disallowed => undef },
  45         { long => 'quality', short => 'q', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => 20,      allowed => undef,           disallowed => undef },
  46     ]
  47 );
  48
  49 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  50 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  51
  52 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) ) {
  53     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  54 }
  55
  56 if ( $options->{ 'data_in' } )
  57 {
  58     $data_in = Maasha::Filesys::files_read_open( $options->{ 'data_in' } );
  59
  60     $num = 1;
  61
  62     if ( $options->{ "format" } eq "octal" )
  63     {
  64         while ( $entry = Maasha::Solexa::solexa_get_entry_octal( $data_in ) )
  65         {
  66             $record = Maasha::Solexa::solexa2biopiece( $entry, $options->{ "quality" } );
  67
  68             Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  69
  70             last if $options->{ "num" } and $num == $options->{ "num" };
  71
  72             $num++;
  73         }
  74     }
  75     else
  76     {
  77         while ( $entry = Maasha::Solexa::solexa_get_entry_decimal( $data_in ) )
  78         {
  79             $record = Maasha::Solexa::solexa2biopiece( $entry, $options->{ "quality" } );
  80
  81             Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  82
  83             last if $options->{ "num" } and $num == $options->{ "num" };
  84
  85             $num++;
  86         }
  87     }
  88
  89     close $data_in;
  90 }
  91
  92 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  93 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  94
  95
  96 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  97
  98
  99 BEGIN
 100 {
 101     Maasha::Biopieces::status_set();
 102 }
 103
 104
 105 END
 106 {
 107     Maasha::Biopieces::status_log();
 108 }
 109
 110
 111 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 112
 113
 114 __END__