bp_bin/read_solexa

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Read Solexa entries from one or more files.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Data::Dumper;
  32 use Maasha::Biopieces;
  33 use Maasha::Filesys;
  34 use Maasha::Solexa;
  35 use Maasha::Fastq;
  36
  37
  38 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  39
  40
  41 my ( $options, $in, $out, $record, $data_in, $num, $entry, @seqs, @scores, $i );
  42
  43 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  44     [
  45         { long => 'data_in',      short => 'i', type => 'files!', mandatory => 'no', default => undef,   allowed => undef,           disallowed => undef },
  46         { long => 'num',          short => 'n', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => undef,   allowed => undef,           disallowed => '0' },
  47         { long => 'format',       short => 'f', type => 'string', mandatory => 'no', default => 'octal', allowed => 'octal,decimal', disallowed => undef },
  48         { long => 'quality',      short => 'q', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => 20,      allowed => undef,           disallowed => undef },
  49         { long => 'skip_quality', short => 's', type => 'flag',   mandatory => 'no', default => undef,   allowed => undef,           disallowed => undef },
  50     ]
  51 );
  52
  53 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  54 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  55
  56 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) ) {
  57     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  58 }
  59
  60 if ( $options->{ 'data_in' } )
  61 {
  62     $data_in = Maasha::Filesys::files_read_open( $options->{ 'data_in' } );
  63
  64     $num = 1;
  65
  66     while ( $entry = Maasha::Fastq::get_entry( $data_in ) )
  67     {
  68         if ( $record = Maasha::Fastq::fastq2biopiece( $entry ) )
  69         {
  70             if ( not $options->{ 'skip_quality' } )
  71             {
  72                 $record->{ 'SCORES' } =~ s/(\d+) ?/Maasha::Fastq::score2phred( $1 )/ge if $options->{ 'format' } eq 'decimal';
  73                 Maasha::Fastq::solexa2phred( $record->{ 'SCORES' } );
  74                 Maasha::Fastq::lowercase_low_scores( $record->{ 'SEQ' }, $record->{ 'SCORES' }, $options->{ 'quality' } );
  75
  76                 $record->{ 'SCORES' }     =~ s/(.)/ord( $1 ) - 33 . ";"/ge; # http://maq.sourceforge.net/fastq.shtml
  77                 $record->{ 'SCORE_MEAN' } = sprintf( "%.2f", Maasha::Calc::mean( [ split /;/, $record->{ 'SCORES' } ] ) );
  78             }
  79
  80             Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  81         }
  82
  83         last if $options->{ "num" } and $num == $options->{ "num" };
  84
  85         $num++;
  86     }
  87
  88     close $data_in;
  89 }
  90
  91 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  92 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  93
  94
  95 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  96
  97
  98 BEGIN
  99 {
 100     Maasha::Biopieces::status_set();
 101 }
 102
 103
 104 END
 105 {
 106     Maasha::Biopieces::status_log();
 107 }
 108
 109
 110 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 111
 112
 113 __END__