bp_bin/read_soft

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Read SOFT entries from one or more files.
  25 # http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/soft2.html
  26
  27 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  28
  29
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Filesys;
  33 use Maasha::NCBI;
  34
  35
  36 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  37
  38
  39 my ( $options, $in, $out, $record, $data_in, $num, $entry, $records, $soft_index,
  40      $fh, @platforms, $plat_table, @samples, $sample, $old_end, $skip, $file );
  41
  42 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  43     [
  44         { long => 'data_in', short => 'i', type => 'files!', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  45         { long => 'samples', short => 's', type => 'list',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  46         { long => 'num',     short => 'n', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => '0' },
  47     ]
  48 );
  49
  50 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  51 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  52
  53 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) ) {
  54     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  55 }
  56
  57 $num = 1;
  58
  59 foreach $file ( @{ $options->{ "data_in" } } )
  60 {
  61     print STDERR "Creating index for file: $file\n" if $options->{ "verbose" };
  62
  63     $soft_index = Maasha::NCBI::soft_index_file( $file );
  64
  65     $fh         = Maasha::Filesys::file_read_open( $file );
  66
  67     @platforms  = grep { $_->{ "SECTION" } =~ /PLATFORM/ } @{ $soft_index };
  68
  69     print STDERR "Getting platform tables for file: $file\n" if $options->{ "verbose" };
  70
  71     $plat_table = Maasha::NCBI::soft_get_platform( $fh, $platforms[ 0 ]->{ "LINE_BEG" }, $platforms[ -1 ]->{ "LINE_END" } );
  72
  73     @samples    = grep { $_->{ "SECTION" } =~ /SAMPLE/ } @{ $soft_index };
  74
  75     $old_end    = $platforms[ -1 ]->{ "LINE_END" };
  76
  77     foreach $sample ( @samples )
  78     {
  79         $skip = 0;
  80         $skip = 1 if ( $options->{ "samples" } and grep { $sample->{ "SECTION" } !~ /$_/ } @{ $options->{ "samples" } } );
  81
  82         print STDERR "Getting samples for dataset: $sample->{ 'SECTION' }\n" if $options->{ "verbose" } and not $skip;
  83
  84         $records = Maasha::NCBI::soft_get_sample( $fh, $plat_table, $sample->{ "LINE_BEG" } - $old_end - 1, $sample->{ "LINE_END" } - $old_end - 1, $skip );
  85
  86         foreach $record ( @{ $records } )
  87         {
  88             Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  89
  90             goto NUM if $options->{ "num" } and $num == $options->{ "num" };
  91
  92             $num++;
  93         }
  94
  95         $old_end = $sample->{ "LINE_END" };
  96     }
  97
  98     close $fh;
  99 }
 100
 101 NUM:
 102
 103 close $data_in if $data_in;
 104 close $fh if $fh;
 105
 106 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 107 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 108
 109
 110 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 111
 112
 113 BEGIN
 114 {
 115     Maasha::Biopieces::status_set();
 116 }
 117
 118
 119 END
 120 {
 121     Maasha::Biopieces::status_log();
 122 }
 123
 124
 125 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 126
 127
 128 __END__