bp_bin/read_mysql

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Read records from a MySQL query.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::SQL;
  32 use Maasha::UCSC;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $default_user, $default_password, $options, $in, $out, $record, $dbh, $results );
  39
  40 $default_user     = Maasha::UCSC::ucsc_get_user();
  41 $default_password = Maasha::UCSC::ucsc_get_password();
  42
  43 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  44     [
  45         { long => 'database', short => 'd', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef,             allowed => undef, disallowed => undef },
  46         { long => 'query',    short => 'q', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef,             allowed => undef, disallowed => undef },
  47         { long => 'user',     short => 'u', type => 'string', mandatory => 'no',  default => $default_user,     allowed => undef, disallowed => undef },
  48         { long => 'password', short => 'p', type => 'string', mandatory => 'no',  default => $default_password, allowed => undef, disallowed => undef },
  49     ]
  50 );
  51
  52 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  53 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  54
  55 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) ) {
  56     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  57 }
  58
  59 $dbh = Maasha::SQL::connect( $options->{ "database" }, $options->{ "user" }, $options->{ "password" } );
  60
  61 $results = Maasha::SQL::query_hashref_list( $dbh, $options->{ "query" } );
  62
  63 Maasha::SQL::disconnect( $dbh );
  64
  65 map { Maasha::Biopieces::put_record( $_ ) } @{ $results };
  66
  67
  68 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  69
  70
  71 BEGIN
  72 {
  73     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
  74
  75     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
  76 }
  77
  78 END
  79 {
  80     Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  81     Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  82
  83     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
  84
  85     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
  86 }
  87
  88
  89 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  90
  91
  92 __END__