bp_bin/read_fastq

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Read FASTQ entries from one or more files.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Filesys;
  33 use Maasha::Fastq;
  34
  35
  36 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  37
  38
  39 my ( $options, $in, $out, $record, $data_in, $num, $entry );
  40
  41 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  42     [
  43         { long => 'data_in', short => 'i', type => 'files!', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44         { long => 'num',     short => 'n', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => 0     },
  45         { long => 'quality', short => 'q', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => 20,    allowed => undef, disallowed => undef },
  46     ]
  47 );
  48
  49 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  50 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  51
  52 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) ) {
  53     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  54 }
  55
  56 if ( $options->{ 'data_in' } )
  57 {
  58     $data_in = Maasha::Filesys::files_read_open( $options->{ 'data_in' } );
  59
  60     $num = 1;
  61
  62     while ( $entry = Maasha::Fastq::get_entry( $data_in ) )
  63     {
  64         if ( $record = Maasha::Fastq::fastq2biopiece( $entry ) )
  65         {
  66             lowercase_low_scores( $record, $options->{ 'quality' } );
  67
  68             Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  69         }
  70
  71         last if $options->{ "num" } and $num == $options->{ "num" };
  72
  73         $num++;
  74     }
  75
  76     close $data_in;
  77 }
  78
  79 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  80 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  81
  82
  83 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  84
  85
  86 sub lowercase_low_scores
  87 {
  88     # Martin A. Hansen, July 2009.
  89
  90     # Lowercase residues in sequence that are below a given score threshold.
  91
  92     # This one would be lovely to have written in C.
  93
  94     my ( $record,    # Biopiece record
  95          $quality,   # quality threshold
  96        ) = @_;
  97
  98     # Returns nothing.
  99
 100     my ( @seqs, @scores, $i );
 101
 102     @seqs   = split //, $record->{ 'SEQ' };
 103     @scores = split /;/, $record->{ 'SCORES' };
 104
 105     for ( $i = 0; $i < @scores; $i++ ) {
 106         $seqs[ $i ] = lc $seqs[ $i ] if $scores[ $i ] < $quality;
 107     }
 108
 109     $record->{ 'SEQ' }    = join "",  @seqs;
 110     $record->{ 'SCORES' } = join ";", @scores;
 111 }
 112
 113
 114 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 115
 116
 117 BEGIN
 118 {
 119     Maasha::Biopieces::status_set();
 120 }
 121
 122
 123 END
 124 {
 125     Maasha::Biopieces::status_log();
 126 }
 127
 128
 129 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 130
 131
 132 __END__