bp_bin/read_fastq

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Read FASTQ entries from one or more files.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Filesys;
  33 use Maasha::Fastq;
  34
  35
  36 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  37
  38
  39 my ( $options, $in, $out, $record, $data_in, $num, $entry );
  40
  41 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  42     [
  43         { long => 'data_in',     short => 'i', type => 'files!', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44         { long => 'num',         short => 'n', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => 0     },
  45         { long => 'convert2dec', short => 'c', type => 'flag',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  46         { long => 'cutoff',      short => 'C', type => 'int',    mandatory => 'no', default => 20,    allowed => undef, disallowed => undef },
  47         { long => 'soft_mask',   short => 's', type => 'flag',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  48     ]
  49 );
  50
  51 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  52 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  53
  54 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) ) {
  55     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  56 }
  57
  58 if ( $options->{ 'data_in' } )
  59 {
  60     $data_in = Maasha::Filesys::files_read_open( $options->{ 'data_in' } );
  61
  62     $num = 1;
  63
  64     while ( $entry = Maasha::Fastq::get_entry( $data_in ) )
  65     {
  66         if ( $record = Maasha::Fastq::fastq2biopiece( $entry ) )
  67         {
  68             Maasha::Fastq::softmask_phred_str( $record->{ 'SEQ' }, $record->{ 'SCORES' }, $options->{ 'cutoff' } ) if $options->{ 'soft_mask' };
  69
  70             Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  71         }
  72
  73         last if $options->{ "num" } and $num == $options->{ "num" };
  74
  75         $num++;
  76     }
  77
  78     close $data_in;
  79 }
  80
  81 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  82 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  83
  84
  85 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  86
  87
  88 BEGIN
  89 {
  90     Maasha::Biopieces::status_set();
  91 }
  92
  93
  94 END
  95 {
  96     Maasha::Biopieces::status_log();
  97 }
  98
  99
 100 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 101
 102
 103 __END__