bp_bin/read_fastq

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Read FASTQ entries from one or more files.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'maasha/fastq'
  33
  34 casts = []
  35 casts << {:long=>'data_in', :short=>'i', :type=>'files!', :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  36 casts << {:long=>'num',     :short=>'n', :type=>'uint',   :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>'0'}
  37 casts << {:long=>'solexa',  :short=>'s', :type=>'flag',   :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  38
  39 PHRED_SCORES = Regexp.new('[!"#$%&\'()*+,-./0123456789:]')
  40
  41 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  42
  43 num  = 0
  44 last = false
  45
  46 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  47   unless options[:data_in].first == '-'
  48     input.each_record do |record|
  49       output.puts record
  50     end
  51   end
  52
  53   if options.has_key? :data_in
  54     options[:data_in].each do |file|
  55       Fastq.open(file, mode='r') do |fastq|
  56         fastq.each do |entry|
  57           entry.convert_phred2illumina!  if entry.qual.match PHRED_SCORES
  58           entry.convert_solexa2illumina! if options[:solexa]
  59           output.puts entry.to_bp
  60           num += 1
  61
  62           if options.has_key? :num and options[:num] == num
  63             last = true
  64             break
  65           end
  66         end
  67       end
  68
  69       break if last
  70     end
  71   end
  72 end
  73
  74
  75 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  76
  77
  78 __END__