bp_bin/read_embl

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Read EMBL entries from one or more files.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Filesys;
  33 use Maasha::EMBL;
  34
  35
  36 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  37
  38
  39 my ( $options, $in, $out, %options2, $file, $data_in, $num, $entry, $record );
  40
  41 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  42     [
  43         { long => 'data_in', short => 'i', type => 'files!', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44         { long => 'num',     short => 'n', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => '0' },
  45         { long => 'keys',    short => 'k', type => 'list',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  46         { long => 'feats',   short => 'f', type => 'list',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  47         { long => 'quals',   short => 'q', type => 'list',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  48     ]
  49 );
  50
  51 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  52 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  53
  54 map { $options2{ "keys" }{ $_ } = 1 }  @{ $options->{ "keys" } };
  55 map { $options2{ "feats" }{ $_ } = 1 } @{ $options->{ "feats" } };
  56 map { $options2{ "quals" }{ $_ } = 1 } @{ $options->{ "quals" } };
  57
  58 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) ) {
  59     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  60 }
  61
  62 if ( $options->{ 'data_in' } )
  63 {
  64     $data_in = Maasha::Filesys::files_read_open( $options->{ 'data_in' } );
  65
  66     $num = 1;
  67
  68     while ( $entry = Maasha::EMBL::get_embl_entry( $data_in ) )
  69     {
  70         $record = Maasha::EMBL::parse_embl_entry( $entry, \%options2 );
  71
  72         my ( $feat, $feat2, $qual, $qual_val, $record_copy );
  73
  74         $record_copy = dclone $record;
  75
  76         delete $record_copy->{ "FT" };
  77
  78         Maasha::Biopieces::put_record( $record_copy, $out );
  79
  80         delete $record_copy->{ "SEQ" };
  81
  82         foreach $feat ( keys %{ $record->{ "FT" } } )
  83         {
  84             $record_copy->{ "FEAT_TYPE" } = $feat;
  85
  86             foreach $feat2 ( @{ $record->{ "FT" }->{ $feat } } )
  87             {
  88                 foreach $qual ( keys %{ $feat2 } )
  89                 {
  90                     $qual_val = join "; ", @{ $feat2->{ $qual } };
  91
  92                     $qual =~ s/^_//;
  93                     $qual = uc $qual;
  94
  95                     $record_copy->{ $qual } = $qual_val;
  96                 }
  97
  98                 Maasha::Biopieces::put_record( $record_copy, $out );
  99             }
 100         }
 101
 102         last if $options->{ "num" } and $num == $options->{ "num" };
 103
 104         $num++;
 105     }
 106
 107     close $data_in;
 108 }
 109
 110 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 111 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 112
 113
 114 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 115
 116
 117 BEGIN
 118 {
 119     Maasha::Biopieces::status_set();
 120 }
 121
 122
 123 END
 124 {
 125     Maasha::Biopieces::status_log();
 126 }
 127
 128
 129 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 130
 131
 132 __END__