bp_bin/read_embl

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Read EMBL entries from one or more files.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::Filesys;
  32 use Maasha::EMBL;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, $in, $out, %options2, $file, $data_in, $num, $entry, $record );
  39
  40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  41     [
  42         { long => 'data_in', short => 'i', type => 'files!', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43         { long => 'num',     short => 'n', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => '0' },
  44         { long => 'keys',    short => 'k', type => 'list',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  45         { long => 'feats',   short => 'f', type => 'list',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  46         { long => 'quals',   short => 'q', type => 'list',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  47     ]
  48 );
  49
  50 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  51 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  52
  53 map { $options2{ "keys" }{ $_ } = 1 }  @{ $options->{ "keys" } };
  54 map { $options2{ "feats" }{ $_ } = 1 } @{ $options->{ "feats" } };
  55 map { $options2{ "quals" }{ $_ } = 1 } @{ $options->{ "quals" } };
  56
  57 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) ) {
  58     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  59 }
  60
  61 if ( $options->{ 'data_in' } )
  62 {
  63     $data_in = Maasha::Filesys::files_read_open( $options->{ 'data_in' } );
  64
  65     $num = 1;
  66
  67     while ( $entry = Maasha::EMBL::get_embl_entry( $data_in ) )
  68     {
  69         $record = Maasha::EMBL::parse_embl_entry( $entry, \%options2 );
  70
  71         my ( $feat, $feat2, $qual, $qual_val, $record_copy );
  72
  73         $record_copy = dclone $record;
  74
  75         delete $record_copy->{ "FT" };
  76
  77         Maasha::Biopieces::put_record( $record_copy, $out );
  78
  79         delete $record_copy->{ "SEQ" };
  80
  81         foreach $feat ( keys %{ $record->{ "FT" } } )
  82         {
  83             $record_copy->{ "FEAT_TYPE" } = $feat;
  84
  85             foreach $feat2 ( @{ $record->{ "FT" }->{ $feat } } )
  86             {
  87                 foreach $qual ( keys %{ $feat2 } )
  88                 {
  89                     $qual_val = join "; ", @{ $feat2->{ $qual } };
  90
  91                     $qual =~ s/^_//;
  92                     $qual = uc $qual;
  93
  94                     $record_copy->{ $qual } = $qual_val;
  95                 }
  96
  97                 Maasha::Biopieces::put_record( $record_copy, $out );
  98             }
  99         }
 100
 101         last if $options->{ "num" } and $num == $options->{ "num" };
 102
 103         $num++;
 104     }
 105
 106     close $data_in;
 107 }
 108
 109 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 110 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 111
 112
 113 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 114
 115
 116 BEGIN
 117 {
 118     Maasha::Biopieces::status_set();
 119 }
 120
 121
 122 END
 123 {
 124     Maasha::Biopieces::status_log();
 125 }
 126
 127
 128 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 129
 130
 131 __END__