bp_bin/read_embl

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Read EMBL entries from one or more files.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Storable qw( dclone );
  32 use Maasha::Biopieces;
  33 use Maasha::Filesys;
  34 use Maasha::EMBL;
  35
  36
  37 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  38
  39
  40 my ( $options, $in, $out, $data_in, $num, $entry, $record );
  41
  42 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  43     [
  44         { long => 'data_in',    short => 'i', type => 'files!', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  45         { long => 'num',        short => 'n', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => '0' },
  46         { long => 'keys',       short => 'k', type => 'list',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  47         { long => 'features',   short => 'f', type => 'list',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  48         { long => 'qualifiers', short => 'q', type => 'list',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  49     ]
  50 );
  51
  52 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  53 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  54
  55 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) ) {
  56     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  57 }
  58
  59 if ( $options->{ 'data_in' } )
  60 {
  61     $data_in = Maasha::Filesys::files_read_open( $options->{ 'data_in' } );
  62
  63     $num = 1;
  64
  65     while ( $entry = Maasha::EMBL::get_embl_entry( $data_in ) )
  66     {
  67         map { Maasha::Biopieces::put_record( $_, $out ) } Maasha::EMBL::embl2biopieces( $entry, $options );
  68
  69         last if $options->{ "num" } and $num == $options->{ "num" };
  70
  71         $num++;
  72     }
  73
  74     close $data_in;
  75 }
  76
  77 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  78 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  79
  80
  81 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  82
  83
  84 BEGIN
  85 {
  86     Maasha::Biopieces::status_set();
  87 }
  88
  89
  90 END
  91 {
  92     Maasha::Biopieces::status_log();
  93 }
  94
  95
  96 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  97
  98
  99 __END__