]> git.donarmstrong.com Git - biopieces.git/blob - bp_bin/read_embl
added new Biopiece merge_pair_seq
[biopieces.git] / bp_bin / read_embl
1 #!/usr/bin/env ruby
2
3 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
4
5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
8 # of the License, or (at your option) any later version.
9
10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
13 # GNU General Public License for more details.
14
15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
16 # along with this program; if not, write to the Free Software
17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
18
19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
20
21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
22
23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
24
25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
26
27 # Read EMBL entries from one or more files.
28
29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
30
31 require 'maasha/biopieces'
32 require 'maasha/embl'
33
34 casts = []
35 casts << {:long=>'data_in',    :short=>'i', :type=>'files!', :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
36 casts << {:long=>'num',        :short=>'n', :type=>'uint',   :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>'0'}
37 casts << {:long=>'keys',       :short=>'k', :type=>'list',   :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
38 casts << {:long=>'features',   :short=>'f', :type=>'list',   :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
39 casts << {:long=>'qualifiers', :short=>'q', :type=>'list',   :mandatory=>false, :default=>nil, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
40
41 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
42
43 hash_keys  = options[:keys].inject(Hash.new)       { |h,k| h[k.upcase.to_sym] = true; h } if options[:keys]
44 hash_feats = options[:features].inject(Hash.new)   { |h,k| h[k.upcase.to_sym] = true; h } if options[:features]
45 hash_quals = options[:qualifiers].inject(Hash.new) { |h,k| h[k.upcase.to_sym] = true; h } if options[:qualifiers]
46
47 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
48   input.each_record do |record|
49     output.puts record
50   end
51
52   num  = 0
53   last = false
54
55   if options[:data_in]
56     options[:data_in].each do |file|
57       EMBL.open(file, mode='r') do |embl_io|
58         embl_io.each(hash_keys, hash_feats, hash_quals) do |entry|
59           output.puts entry
60
61           num += 1
62
63           if options[:num] and options[:num] == num
64             last = true
65             break
66           end
67         end
68       end
69
70       break if last
71     end
72   end
73 end
74
75
76 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
77
78
79 __END__