bp_bin/read_bed

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Read BED data (Browser Extensible Data) from one or more files.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::Filesys;
  32 use Maasha::UCSC::BED;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, $in, $out, $file, $record, $bed_entry, $data_in, $num );
  39
  40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  41     [
  42         { long => 'data_in', short => 'i', type => 'files!', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef   },
  43         { long => 'cols',    short => 'c', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => '0,1,2' },
  44         { long => 'num',     short => 'n', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => '0'     },
  45         { long => 'check',   short => 'C', type => 'flag',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef   },
  46     ]
  47 );
  48
  49 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  50 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  51
  52 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) ) {
  53     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  54 }
  55
  56 if ( $options->{ 'data_in' } )
  57 {
  58     $num = 1;
  59
  60     $data_in = Maasha::Filesys::files_read_open( $options->{ 'data_in' } );
  61
  62     while ( $bed_entry = Maasha::UCSC::BED::bed_entry_get( $data_in, $options->{ 'cols' }, $options->{ 'check' } ) )
  63     {
  64         $record = Maasha::UCSC::BED::bed2biopiece( $bed_entry );
  65
  66         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  67
  68         last if $options->{ "num" } and $num == $options->{ "num" };
  69
  70         $num++;
  71     }
  72
  73     close $data_in;
  74 }
  75
  76
  77 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  78
  79
  80 BEGIN
  81 {
  82     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
  83
  84     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
  85 }
  86
  87 END
  88 {
  89     Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  90     Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  91
  92     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
  93
  94     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
  95 }
  96
  97
  98 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  99
 100
 101 __END__