bp_bin/read_2bit

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Read nucleotide sequences in 2bit format from one or more files.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::Filesys;
  32 use Maasha::TwoBit;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, $in, $out, $record, $file, $data_in, $mask, $toc, $line, $num );
  39
  40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  41     [
  42         { long => 'data_in', short => 'i', type => 'files!', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43         { long => 'num',     short => 'n', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => '0'   },
  44         { long => 'no_mask', short => 'N', type => 'flag',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  45     ]
  46 );
  47
  48 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  49 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  50
  51 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) ) {
  52     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  53 }
  54
  55 $mask = 1 if not $options->{ "no_mask" };
  56
  57 $num = 1;
  58
  59 foreach $file ( @{ $options->{ "data_in" } } )
  60 {
  61     $data_in = Maasha::Filesys::file_read_open( $file );
  62
  63     $toc = Maasha::TwoBit::twobit_get_TOC( $data_in );
  64
  65     foreach $line ( @{ $toc } )
  66     {
  67         $record->{ "SEQ_NAME" } = $line->[ 0 ];
  68         $record->{ "SEQ" }      = Maasha::TwoBit::twobit_get_seq( $data_in, $line->[ 1 ], undef, undef, $mask );
  69         $record->{ "SEQ_LEN" }  = length $record->{ "SEQ" };
  70
  71         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  72
  73         goto NUM if $options->{ "num" } and $num == $options->{ "num" };
  74
  75         $num++;
  76     }
  77
  78     close $data_in;
  79 }
  80
  81 NUM:
  82
  83 close $data_in if $data_in;
  84
  85
  86 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  87
  88
  89 BEGIN
  90 {
  91     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
  92
  93     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
  94 }
  95
  96 END
  97 {
  98     Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  99     Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 100
 101     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
 102
 103     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
 104 }
 105
 106
 107 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 108
 109
 110 __END__