bp_bin/random_records

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Select a number of random records from the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::Filesys;
  32
  33
  34 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  35
  36
  37 my ( $options, $in, $out, $record, $tmp_dir, $tmp_file, $fh_out, $fh_in, $count, $i, %rand_hash, $rand, $max );
  38
  39 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  40     [
  41         { long => 'num', short => 'n', type => 'uint', mandatory => 'no', default => 10, allowed => undef, disallowed => 0 },
  42     ]
  43 );
  44
  45 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  46 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  47
  48 $tmp_dir  = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
  49 $tmp_file = "$tmp_dir/random_records.tmp";
  50
  51 $fh_out = Maasha::Filesys::file_write_open( $tmp_file );
  52
  53 $count = 0;
  54
  55 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  56 {
  57     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $fh_out );
  58
  59     $count++;
  60 }
  61
  62 close $fh_out;
  63
  64 $max = 0;
  65 $i   = 0;
  66
  67 Maasha::Common::error( qq(Requested random records > records in stream) ) if $options->{ "num" } > $count;
  68
  69 while ( $i < $options->{ "num" } )
  70 {
  71     $rand = int( rand( $count ) );
  72
  73     if ( not exists $rand_hash{ $rand } )
  74     {
  75         $rand_hash{ $rand } = 1;
  76
  77         $max = $rand if $rand > $max;
  78
  79         $i++;
  80     }
  81 }
  82
  83 $fh_in = Maasha::Filesys::file_read_open( $tmp_file );
  84
  85 $count = 0;
  86
  87 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $fh_in ) )
  88 {
  89     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if exists $rand_hash{ $count };
  90
  91     last if $count == $max;
  92
  93     $count++;
  94 }
  95
  96 close $fh_in;
  97
  98 unlink $tmp_file;
  99
 100 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 101 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 102
 103
 104 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 105
 106
 107 BEGIN
 108 {
 109     Maasha::Biopieces::status_set();
 110 }
 111
 112
 113 END
 114 {
 115     Maasha::Biopieces::status_log();
 116 }
 117
 118
 119 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 120
 121
 122 __END__