]> git.donarmstrong.com Git - biopieces.git/blob - bp_bin/plot_lines
workied on pair wise aligner
[biopieces.git] / bp_bin / plot_lines
1 #!/usr/bin/env perl
2
3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
4
5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
8 # of the License, or (at your option) any later version.
9
10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
13 # GNU General Public License for more details.
14
15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
16 # along with this program; if not, write to the Free Software
17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
18
19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
20
21
22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
23
24 # Plot one or more lines.
25
26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
27
28
29 use warnings;
30 use strict;
31 use Data::Dumper;
32 use Maasha::Common;
33 use Maasha::Biopieces;
34 use Maasha::Plot;
35 use Maasha::Matrix;
36 use Maasha::Filesys;
37
38
39 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
40
41
42 my ( $options, $in, $out, $default, $terminals, $record, $AoA, $fh, $plot, $tmp_dir, $key, @list );
43
44 $default   = "Lines";
45 $terminals = "dumb,x11,aqua,post,svg";
46
47 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
48     [
49         { long => 'no_stream',  short => 'x', type => 'flag',   mandatory => 'no', default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
50         { long => 'data_out',   short => 'o', type => 'file',   mandatory => 'no', default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
51         { long => 'keys',       short => 'k', type => 'list',   mandatory => 'no', default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
52         { long => 'list',       short => 'l', type => 'string', mandatory => 'no', default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
53         { long => 'terminal',   short => 't', type => 'string', mandatory => 'no', default => 'dumb',   allowed => $terminals, disallowed => undef },
54         { long => 'title',      short => 'T', type => 'string', mandatory => 'no', default => $default, allowed => undef,      disallowed => undef },
55         { long => 'xlabel',     short => 'X', type => 'string', mandatory => 'no', default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
56         { long => 'ylabel',     short => 'Y', type => 'string', mandatory => 'no', default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
57         { long => 'logscale_y', short => 'L', type => 'flag',   mandatory => 'no', default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
58     ]   
59 );
60
61 Maasha::Common::error( qq(neither 'keys' or 'list' specified - use one or the other) )    if not defined $options->{ 'keys' } and not defined $options->{ 'list' };
62 Maasha::Common::error( qq(both 'keys' and 'list' specified - use only one or the other) ) if     defined $options->{ 'keys' } and     defined $options->{ 'list' };
63
64 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
65 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
66
67 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) ) 
68 {
69     if ( defined $options->{ 'list' } and defined $record->{ $options->{ 'list' } } )
70     {
71         push @{ $AoA }, [ split ";", $record->{ $options->{ 'list' } } ];
72     }
73     elsif ( defined $options->{ 'keys' } )
74     {
75         undef @list;
76
77         map { push @list, $record->{ $_ } if defined $record->{ $_ }  } @{ $options->{ 'keys' } };
78
79         push @{ $AoA }, [ @list ] if scalar @list > 0;
80     }
81
82     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
83 }
84
85 $AoA     = Maasha::Matrix::matrix_flip( $AoA ) if $options->{ 'list' };  # convert row to column
86
87 $tmp_dir = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
88
89 $plot    = Maasha::Plot::lineplot_simple( $AoA, $options, $tmp_dir );
90
91 $fh      = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "data_out" } );
92
93 print $fh "$_\n" foreach @{ $plot };
94
95 close $fh;
96
97 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
98 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
99
100
101 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
102
103
104 BEGIN
105 {
106     Maasha::Biopieces::status_set();
107 }
108
109
110 END
111 {
112     Maasha::Biopieces::status_log();
113 }
114
115
116 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
117
118
119 __END__