bp_bin/plot_lendist

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Plot a length distribution histogram.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::Plot;
  32 use Maasha::Calc;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, $in, $out, $default, $terminals, $record, %data_hash, $max, @data_list, $i, $result, $fh );
  39
  40 $default   = "Length Distribution";
  41 $terminals = "dumb,x11,aqua,post,svg";
  42
  43 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  44     [
  45         { long => 'no_stream', short => 'x', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  46         { long => 'data_out',  short => 'o', type => 'file',   mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  47         { long => 'key',       short => 'k', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  48         { long => 'terminal',  short => 't', type => 'string', mandatory => 'no',  default => 'dumb',   allowed => $terminals, disallowed => undef },
  49         { long => 'title',     short => 'T', type => 'string', mandatory => 'no',  default => $default, allowed => undef,      disallowed => undef },
  50         { long => 'xlabel',    short => 'X', type => 'string', mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  51         { long => 'ylabel',    short => 'Y', type => 'string', mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  52     ]
  53 );
  54
  55 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  56 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  57
  58 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  59 {
  60     $data_hash{ $record->{ $options->{ "key" } } }++ if defined $record->{ $options->{ "key" } };
  61
  62     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  63 }
  64
  65 $max = Maasha::Calc::list_max( [ keys %data_hash ] );
  66
  67 for ( $i = 0; $i < $max; $i++ ) {
  68     push @data_list, [ $i, $data_hash{ $i } || 0 ];
  69 }
  70
  71 $result = Maasha::Plot::histogram_lendist( \@data_list, $options );
  72
  73 $fh = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "data_out" } );
  74
  75 print $fh "$_\n" foreach @{ $result };
  76
  77 close $fh;
  78
  79
  80 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  81
  82
  83 BEGIN
  84 {
  85     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
  86
  87     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
  88 }
  89
  90
  91 END
  92 {
  93     Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  94     Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  95
  96     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
  97
  98     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
  99 }
 100
 101
 102 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 103
 104
 105 __END__
 106