bp_bin/plot_karyogram

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Plot a karyogram with positions indicated according to records in the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::Plot;
  32
  33
  34 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  35
  36
  37 my ( $options, $in, $out, $record, @data, $fh, $result, %data_hash );
  38
  39 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  40     [
  41         { long => 'no_stream',  short => 'x', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef,   allowed => undef,      disallowed => undef },
  42         { long => 'data_out',   short => 'o', type => 'string', mandatory => 'no',  default => undef,   allowed => undef,      disallowed => undef },
  43         { long => 'genome',     short => 'g', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef,   allowed => 'hg18,mm9', disallowed => undef },
  44         { long => 'feat_color', short => 'f', type => 'string', mandatory => 'no',  default => 'black', allowed => undef,      disallowed => undef },
  45     ]
  46 );
  47
  48 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  49 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  50
  51 $options->{ "genome" }     ||= "human";
  52 $options->{ "feat_color" } ||= "black";
  53
  54 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  55 {
  56     if ( $record->{ "CHR" } and $record->{ "CHR_BEG" } and $record->{ "CHR_END" } )
  57     {
  58         push @{ $data_hash{ $record->{ "CHR" } } }, [ $record->{ "CHR_BEG" }, $record->{ "CHR_END" }, $options->{ "feat_color" } ];
  59     }
  60
  61     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  62 }
  63
  64 $result = Maasha::Plot::karyogram( \%data_hash, $options );
  65
  66 $fh = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "data_out" } );
  67
  68 print $fh $result;
  69
  70 close $fh;
  71
  72 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  73 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  74
  75
  76 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  77
  78
  79 BEGIN
  80 {
  81     Maasha::Biopieces::status_set();
  82 }
  83
  84
  85 END
  86 {
  87     Maasha::Biopieces::status_log();
  88 }
  89
  90
  91 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  92
  93
  94 __END__