bp_bin/plot_karyogram

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Plot a karyogram with positions indicated according to records in the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Plot;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, $in, $out, $record, @data, $fh, $result, %data_hash );
  39
  40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  41     [
  42         { long => 'no_stream',  short => 'x', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef,   allowed => undef,      disallowed => undef },
  43         { long => 'data_out',   short => 'o', type => 'string', mandatory => 'no',  default => undef,   allowed => undef,      disallowed => undef },
  44         { long => 'genome',     short => 'g', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef,   allowed => 'hg18,mm9', disallowed => undef },
  45         { long => 'feat_color', short => 'f', type => 'string', mandatory => 'no',  default => 'black', allowed => undef,      disallowed => undef },
  46     ]
  47 );
  48
  49 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  50 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  51
  52 $options->{ "genome" }     ||= "human";
  53 $options->{ "feat_color" } ||= "black";
  54
  55 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  56 {
  57     if ( $record->{ "CHR" } and $record->{ "CHR_BEG" } and $record->{ "CHR_END" } )
  58     {
  59         push @{ $data_hash{ $record->{ "CHR" } } }, [ $record->{ "CHR_BEG" }, $record->{ "CHR_END" }, $options->{ "feat_color" } ];
  60     }
  61
  62     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  63 }
  64
  65 $result = Maasha::Plot::karyogram( \%data_hash, $options );
  66
  67 $fh = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "data_out" } );
  68
  69 print $fh $result;
  70
  71 close $fh;
  72
  73 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  74 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  75
  76
  77 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  78
  79
  80 BEGIN
  81 {
  82     Maasha::Biopieces::status_set();
  83 }
  84
  85
  86 END
  87 {
  88     Maasha::Biopieces::status_log();
  89 }
  90
  91
  92 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  93
  94
  95 __END__