bp_bin/plot_chrdist

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Plot chromosome distribution histogram.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::Plot;
  32
  33
  34 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  35
  36
  37 my ( $run_time_beg, $run_time_end, $options, $in, $out, $default, $terminals, $record, %data_hash, @data_list, $elem, $sort_key, $count, $result, $fh );
  38
  39 $default   = "Chromosome Distribution";
  40 $terminals = "dumb,x11,aqua,post,svg";
  41
  42 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  43     [
  44         { long => 'no_stream', short => 'x', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  45         { long => 'data_out',  short => 'o', type => 'file',   mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  46         { long => 'terminal',  short => 't', type => 'string', mandatory => 'no',  default => 'dumb',   allowed => $terminals, disallowed => undef },
  47         { long => 'title',     short => 'T', type => 'string', mandatory => 'no',  default => $default, allowed => undef,      disallowed => undef },
  48         { long => 'xlabel',    short => 'X', type => 'string', mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  49         { long => 'ylabel',    short => 'Y', type => 'string', mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  50     ]
  51 );
  52
  53 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  54 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  55
  56 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  57 {
  58     if ( $record->{ "CHR" } ) {                                                             # generic
  59         $data_hash{ $record->{ "CHR" } }++;
  60     } elsif ( $record->{ "REC_TYPE" } eq "PATSCAN" and $record->{ "S_ID" } =~ /^chr/i ) {   # patscan
  61         $data_hash{ $record->{ "S_ID" } }++;
  62     } elsif ( $record->{ "REC_TYPE" } eq "PSL" and $record->{ "S_ID" } =~ /^chr/i ) {       # BLAT / PSL
  63         $data_hash{ $record->{ "S_ID" } }++;
  64     } elsif ( $record->{ "REC_TYPE" } eq "BLAST" and $record->{ "S_ID" } =~ /^chr/i ) {     # BLAST
  65         $data_hash{ $record->{ "S_ID" } }++;
  66     }
  67
  68     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  69 }
  70
  71 foreach $elem ( keys %data_hash )
  72 {
  73     $sort_key = $elem;
  74
  75     $sort_key =~ s/chr//i;
  76
  77     $sort_key =~ s/^X(.*)/99$1/;
  78     $sort_key =~ s/^Y(.*)/99$1/;
  79     $sort_key =~ s/^Z(.*)/999$1/;
  80     $sort_key =~ s/^M(.*)/9999$1/;
  81     $sort_key =~ s/^U(.*)/99999$1/;
  82
  83     $count = $sort_key =~ tr/_//;
  84
  85     $sort_key =~ s/_.*/"999999" x $count/ex;
  86
  87     push @data_list, [ $elem, $data_hash{ $elem }, $sort_key ];
  88 }
  89
  90 @data_list = sort { $a->[ 2 ] <=> $b->[ 2 ] } @data_list;
  91
  92 $result = Maasha::Plot::histogram_chrdist( \@data_list, $options );
  93
  94 $fh = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "data_out" } );
  95
  96 print $fh "$_\n" foreach @{ $result };
  97
  98 close $fh;
  99
 100
 101 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 102
 103
 104 BEGIN
 105 {
 106     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
 107
 108     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
 109 }
 110
 111
 112 END
 113 {
 114     Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 115     Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 116
 117     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
 118
 119     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
 120 }
 121
 122
 123 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 124
 125
 126 __END__
 127