]> git.donarmstrong.com Git - biopieces.git/blob - bp_bin/plot_chrdist
added use strict to all biopieces
[biopieces.git] / bp_bin / plot_chrdist
1 #!/usr/bin/env perl
2
3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
4
5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
8 # of the License, or (at your option) any later version.
9
10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
13 # GNU General Public License for more details.
14
15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
16 # along with this program; if not, write to the Free Software
17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
18
19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
20
21
22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
23
24 # Plot chromosome distribution histogram.
25
26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
27
28
29 use warnings;
30 use strict;
31 use Maasha::Biopieces;
32 use Maasha::Plot;
33
34
35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
36
37
38 my ( $options, $in, $out, $default, $terminals, $record, %data_hash, @data_list, $elem, $sort_key, $count, $result, $fh );
39
40 $default   = "Chromosome Distribution";
41 $terminals = "dumb,x11,aqua,post,svg";
42
43 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
44     [
45         { long => 'no_stream', short => 'x', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
46         { long => 'data_out',  short => 'o', type => 'file',   mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
47         { long => 'terminal',  short => 't', type => 'string', mandatory => 'no',  default => 'dumb',   allowed => $terminals, disallowed => undef },
48         { long => 'title',     short => 'T', type => 'string', mandatory => 'no',  default => $default, allowed => undef,      disallowed => undef },
49         { long => 'xlabel',    short => 'X', type => 'string', mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
50         { long => 'ylabel',    short => 'Y', type => 'string', mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
51     ]   
52 );
53
54 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
55 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
56
57 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) ) 
58 {
59     if ( $record->{ "CHR" } ) {                                                             # generic
60         $data_hash{ $record->{ "CHR" } }++;
61     } elsif ( $record->{ "REC_TYPE" } eq "PATSCAN" and $record->{ "S_ID" } =~ /^chr/i ) {   # patscan
62         $data_hash{ $record->{ "S_ID" } }++;
63     } elsif ( $record->{ "REC_TYPE" } eq "PSL" and $record->{ "S_ID" } =~ /^chr/i ) {       # BLAT / PSL
64         $data_hash{ $record->{ "S_ID" } }++;
65     } elsif ( $record->{ "REC_TYPE" } eq "BLAST" and $record->{ "S_ID" } =~ /^chr/i ) {     # BLAST
66         $data_hash{ $record->{ "S_ID" } }++;
67     }
68
69     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
70 }
71
72 foreach $elem ( keys %data_hash )
73 {
74     $sort_key = $elem;
75
76     $sort_key =~ s/chr//i;
77
78     $sort_key =~ s/^X(.*)/99$1/;
79     $sort_key =~ s/^Y(.*)/99$1/;
80     $sort_key =~ s/^Z(.*)/999$1/;
81     $sort_key =~ s/^M(.*)/9999$1/;
82     $sort_key =~ s/^U(.*)/99999$1/;
83
84     $count = $sort_key =~ tr/_//;
85
86     $sort_key =~ s/_.*/"999999" x $count/ex;
87
88     push @data_list, [ $elem, $data_hash{ $elem }, $sort_key ];
89 }
90
91 @data_list = sort { $a->[ 2 ] <=> $b->[ 2 ] } @data_list;
92
93 $result = Maasha::Plot::histogram_chrdist( \@data_list, $options );
94
95 $fh = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "data_out" } );
96
97 print $fh "$_\n" foreach @{ $result };
98
99 close $fh;
100
101 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
102 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
103
104
105 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
106
107
108 BEGIN
109 {
110     Maasha::Biopieces::status_set();
111 }
112
113
114 END
115 {
116     Maasha::Biopieces::status_log();
117 }
118
119
120 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
121
122
123 __END__