bp_bin/order_pairs

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2011 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Order records so SEQ_NAME/1 and SEQ_NAME/2 are in the order.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31
  32 require 'maasha/biopieces'
  33 require 'pp'
  34
  35 options = Biopieces.options_parse(ARGV)
  36
  37 hash1 = {}
  38 hash2 = {}
  39
  40 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  41   input.each_record do |record|
  42     if record[:SEQ_NAME]
  43       name = record[:SEQ_NAME][0 ... -2].to_sym
  44       pair = record[:SEQ_NAME][-1].to_i
  45
  46       if pair == 1
  47         if hash2.has_key? name
  48           output.puts record
  49           output.puts hash2[name]
  50
  51           hash2.delete(name)
  52         else
  53           hash1[name] = record
  54         end
  55       elsif pair == 2
  56         if hash1.has_key? name
  57           output.puts hash1[name]
  58           output.puts record
  59
  60           hash1.delete(name)
  61         else
  62           hash2[name] = record
  63         end
  64       else
  65         $stderr.puts "WARNING: Badly formatted name: #{record[:SEQ_NAME]}" if options[:verbose]
  66       end
  67     end
  68   end
  69 end
  70
  71 if options[:verbose]
  72   $stderr.puts "Unmatched names with /1: #{hash1.size}"
  73   $stderr.puts "Unmatched names with /2: #{hash2.size}"
  74 end
  75
  76
  77 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  78
  79
  80 __END__