bp_bin/order_pairs

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2012 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Order records with pair end sequence data.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'pp'
  33
  34 options = Biopieces.options_parse(ARGV)
  35
  36 hash1 = {}
  37 hash2 = {}
  38
  39 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  40   input.each_record do |record|
  41     if record[:SEQ_NAME]
  42       case record[:SEQ_NAME]
  43       when /^(.+)\/(\d)$/   # Illumina 1.5
  44         name = $1.to_sym
  45         pair = $2.to_i
  46       when /^(.+) (\d):/    # Illumina 1.8
  47         name = $1.to_sym
  48         pair = $2.to_i
  49       else
  50         $stderr.puts "WARNING: Unmatched sequence name: #{record[:SEQ_NAME]}" if options[:verbose]
  51       end
  52
  53       if pair == 1
  54         if hash2[name]
  55           output.puts record
  56           output.puts hash2[name]
  57
  58           hash2.delete(name)
  59         else
  60           hash1[name] = record
  61         end
  62       elsif pair == 2
  63         if hash1[name]
  64           output.puts hash1[name]
  65           output.puts record
  66
  67           hash1.delete(name)
  68         else
  69           hash2[name] = record
  70         end
  71       end
  72     end
  73   end
  74 end
  75
  76 if options[:verbose]
  77   $stderr.puts "Unmatched names with 1st read pair: #{hash1.size}"
  78   $stderr.puts "Unmatched names with 2nd read pair: #{hash2.size}"
  79 end
  80
  81 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  82
  83
  84 __END__