bp_bin/oligo_freq

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Determines the oligo frequencies of sequences in stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31
  32
  33 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  34
  35
  36 my ( $options, $in, $out, $record, @freq_table, %oligos );
  37
  38 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  39     [
  40         { long => 'word_size', short => 'w', type => 'uint', mandatory => 'no', default => 7,     allowed => undef, disallowed => 0 },
  41         { long => 'all',       short => 'a', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  42     ]
  43 );
  44
  45 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  46 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  47
  48 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  49 {
  50     if ( $record->{ "SEQ" } )
  51     {
  52         map { $oligos{ $_ }++ } Maasha::Seq::seq2oligos( \$record->{ "SEQ" }, $options->{ "word_size" } );
  53
  54         if ( not $options->{ "all" } )
  55         {
  56             @freq_table = Maasha::Seq::oligo_freq( \%oligos );
  57
  58             map { Maasha::Biopieces::put_record( $_, $out ) } @freq_table;
  59
  60             undef %oligos;
  61         }
  62     }
  63
  64     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  65 }
  66
  67 if ( defined $options->{ "all" } )
  68 {
  69     @freq_table = Maasha::Seq::oligo_freq( \%oligos );
  70
  71     map { Maasha::Biopieces::put_record( $_, $out ) } @freq_table;
  72 }
  73
  74
  75 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  76
  77
  78 BEGIN
  79 {
  80     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
  81
  82     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
  83 }
  84
  85
  86 END
  87 {
  88     Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  89     Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  90
  91     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
  92
  93     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
  94 }
  95
  96
  97 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  98
  99
 100 __END__
 101