bp_bin/mutate_seq

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Introduce mutations into sequences in the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Common;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Seq;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, $in, $out, $type, $alph, $mutations, $seq_len, $record );
  39
  40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  41     [
  42         { long => 'number',  short => 'n', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef,             disallowed => 0     },
  43         { long => 'percent', short => 'p', type => 'float',  mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef,             disallowed => 0     },
  44         { long => 'type',    short => 't', type => 'string', mandatory => 'no', default => undef, allowed => 'rna,dna,protein', disallowed => undef },
  45     ]
  46 );
  47
  48 Maasha::Common::error( qq(both --number and --percent specified) ) if     $options->{ "number" } and     $options->{ "percent" };
  49 Maasha::Common::error( qq(no --number or --percent specified) )    if not $options->{ "number" } and not $options->{ "percent" };
  50
  51 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  52 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  53
  54 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  55 {
  56     if ( $record->{ "SEQ" } )
  57     {
  58         $seq_len   = length $record->{ "SEQ" };
  59         $type      = $options->{ "type" } || Maasha::Seq::seq_guess_type( $record->{ "SEQ" } );
  60         $alph      = Maasha::Seq::seq_alph( $type );
  61         $mutations = $options->{ "number" } || int( $seq_len * ( $options->{ "percent" } / 100 ) );
  62
  63         Maasha::Common::error( qq(mutations > sequence length: $mutations > $seq_len)  ) if $mutations > $seq_len;
  64
  65         $record->{ "SEQ" } = Maasha::Seq::seq_mutate( $record->{ "SEQ" }, $mutations, $alph );
  66     }
  67
  68     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  69 }
  70
  71 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  72 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  73
  74
  75 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  76
  77
  78 BEGIN
  79 {
  80     Maasha::Biopieces::status_set();
  81 }
  82
  83
  84 END
  85 {
  86     Maasha::Biopieces::status_log();
  87 }
  88
  89
  90 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  91
  92
  93 __END__