bp_bin/mean_vals

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Find the mean values in the stream for given keys.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32
  33
  34 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  35
  36
  37 my ( $options, $in, $out, $record, $key, %sum_hash, %count_hash, $mean, $fh );
  38
  39 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  40     [
  41         { long => 'no_stream', short => 'x', type => 'flag', mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  42         { long => 'data_out',  short => 'o', type => 'file', mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43         { long => 'keys',      short => 'k', type => 'list', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44     ]
  45 );
  46
  47 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  48 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  49
  50 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  51 {
  52     foreach $key ( @{ $options->{ "keys" } } )
  53     {
  54         if ( $record->{ $key } )
  55         {
  56             $sum_hash{ $key } += $record->{ $key };
  57             $count_hash{ $key }++;
  58         }
  59     }
  60
  61     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  62 }
  63
  64 $fh = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "data_out" } );
  65
  66 foreach $key ( @{ $options->{ "keys" } } )
  67 {
  68     if ( exists $count_hash{ $key } ) {
  69         $mean = sprintf( "%.2f", ( $sum_hash{ $key } / $count_hash{ $key } ) );
  70     } else {
  71         $mean = "N/A";
  72     }
  73
  74     Maasha::Biopieces::put_record( { $key . "_MEAN" => $mean } , $fh );
  75 }
  76
  77 close $fh;
  78
  79 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  80 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  81
  82
  83 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  84
  85
  86 BEGIN
  87 {
  88     Maasha::Biopieces::status_set();
  89 }
  90
  91
  92 END
  93 {
  94     Maasha::Biopieces::status_log();
  95 }
  96
  97
  98 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  99
 100
 101 __END__