bp_bin/mean_vals

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Find the mean values in the stream for given keys.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31
  32
  33 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  34
  35
  36 my ( $run_time_beg, $run_time_end, $options, $in, $out, $record, $key, %sum_hash, %count_hash, $mean, $fh );
  37
  38 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  39     [
  40         { long => 'no_stream', short => 'x', type => 'flag', mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  41         { long => 'data_out',  short => 'o', type => 'file', mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  42         { long => 'keys',      short => 'k', type => 'list', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43     ]
  44 );
  45
  46 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  47 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  48
  49 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  50 {
  51     foreach $key ( @{ $options->{ "keys" } } )
  52     {
  53         if ( $record->{ $key } )
  54         {
  55             $sum_hash{ $key } += $record->{ $key };
  56             $count_hash{ $key }++;
  57         }
  58     }
  59
  60     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  61 }
  62
  63 $fh = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "data_out" } );
  64
  65 foreach $key ( @{ $options->{ "keys" } } )
  66 {
  67     if ( exists $count_hash{ $key } ) {
  68         $mean = sprintf( "%.2f", ( $sum_hash{ $key } / $count_hash{ $key } ) );
  69     } else {
  70         $mean = "N/A";
  71     }
  72
  73     Maasha::Biopieces::put_record( { $key . "_MEAN" => $mean } , $fh );
  74 }
  75
  76 close $fh;
  77
  78
  79 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  80
  81
  82 BEGIN
  83 {
  84     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
  85
  86     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
  87 }
  88
  89
  90 END
  91 {
  92     Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  93     Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  94
  95     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
  96
  97     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
  98 }
  99
 100
 101 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 102
 103
 104 __END__
 105