bp_bin/mean_scores

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Calculate the mean or local mean of quality SCORES in the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Fastq;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, $in, $out, $record, $mean, $pos );
  39
  40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  41     [
  42         { long => 'local',       short => 'l', type => 'flag',  mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43         { long => 'window_size', short => 'w', type => 'uint',  mandatory => 'no', default => 5,     allowed => undef, disallowed => 0 },
  44         { long => 'min',         short => 'm', type => 'float', mandatory => 'no', default => 15,    allowed => undef, disallowed => undef },
  45     ]
  46 );
  47
  48 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  49 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  50
  51 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  52 {
  53     if ( $record->{ 'SCORES' } )
  54     {
  55         if ( $options->{ "local" } )
  56         {
  57             ( $mean, $pos ) = Maasha::Fastq::solexa_str_mean_window( $record->{ 'SCORES' }, $options->{ 'window_size' }, $options->{ 'min' } );
  58             $record->{ 'SCORES_LOCAL_POS' }  = $pos;
  59             $record->{ 'SCORES_LOCAL_MEAN' } = sprintf( "%.2f", $mean);
  60         }
  61         else
  62         {
  63             $record->{ 'SCORES_MEAN' } = sprintf( "%.2f", Maasha::Fastq::solexa_str_mean( $record->{ 'SCORES' } ) );
  64         }
  65     }
  66
  67     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  68 }
  69
  70 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  71 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  72
  73
  74 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  75
  76
  77 BEGIN
  78 {
  79     Maasha::Biopieces::status_set();
  80 }
  81
  82
  83 END
  84 {
  85     Maasha::Biopieces::status_log();
  86 }
  87
  88
  89 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  90
  91
  92 __END__