bp_bin/mask_seq

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Soft mask sequences in the stream based on quality scores.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31
  32 require 'maasha/biopieces'
  33
  34 ILLUMINA_BASE = 64
  35
  36 # Expading class Hash with possibly evil monkey patch.
  37 class Hash
  38   # Soft masks sequence residues where the corresponding quality score
  39   # is below a given cutoff.
  40   def mask_seq!(cutoff)
  41     if self.has_key? :SEQ and self.has_key? :SCORES
  42       seq    = self[:SEQ].upcase
  43       scores = self[:SCORES]
  44       i      = 0
  45
  46       scores.each_char do |score|
  47         seq[i] = seq[i].downcase if score.ord - ILLUMINA_BASE < cutoff
  48         i += 1
  49       end
  50
  51       self[:SEQ] = seq
  52     end
  53
  54     self
  55   end
  56 end
  57
  58 casts = []
  59 casts << {:long=>'cutoff', :short=>'c', :type=>'int', :mandatory=>false, :default=>20, :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  60
  61 bp = Biopieces.new
  62
  63 options = bp.parse(ARGV, casts)
  64
  65 bp.each_record do |record|
  66   bp.puts record.mask_seq!(options[:cutoff])
  67 end
  68
  69
  70 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  71
  72
  73 __END__