bp_bin/length_vals

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Find the length of values in the stream for given keys.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31
  32
  33 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  34
  35
  36 my ( $run_time_beg, $run_time_end, $options, $in, $out, $record, $key );
  37
  38 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  39     [
  40         { long => 'keys', short => 'k', type => 'list', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  41     ]
  42 );
  43
  44 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  45 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  46
  47 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  48 {
  49     foreach $key ( @{ $options->{ "keys" } } )
  50     {
  51         if ( $record->{ $key } ) {
  52             $record->{ $key . "_LEN" } = length $record->{ $key };
  53         }
  54     }
  55
  56     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  57 }
  58
  59
  60 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  61
  62
  63 BEGIN
  64 {
  65     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
  66
  67     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
  68 }
  69
  70
  71 END
  72 {
  73     Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  74     Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  75
  76     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
  77
  78     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
  79 }
  80
  81
  82 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  83
  84
  85 __END__
  86