bp_bin/kmer_freq

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2012 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Determine the frequencies for k-mers in sequences in the stream.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'maasha/seq'
  33
  34 casts = []
  35 casts << {:long=>'size', :short=>'s', :type=>'uint', :mandatory=>false, :default=>4, :allowed=>nil, :disallowed=>'0'}
  36
  37 options   = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  38
  39 size      = options[:size]
  40 kmer_hash = Hash.new { 0 }
  41
  42 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  43   input.each_record do |record|
  44     if record[:SEQ]
  45       seq = record[:SEQ].upcase
  46
  47       (0 .. seq.length - size).each do |i|
  48         kmer = seq[i ... i + size]
  49         kmer_hash[kmer] += 1
  50       end
  51     end
  52
  53     output.puts record
  54   end
  55
  56   kmer_hash.each do |kmer, count|
  57     record = {
  58       :REC_TYPE => "KMER_FREQ",
  59       :KMER     => kmer,
  60       :COUNT    => count,
  61       :FREQ     => (count.to_f / kmer_hash.size).round(4)
  62     }
  63
  64     output.puts record
  65   end
  66 end
  67
  68
  69 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  70
  71
  72 __END__