]> git.donarmstrong.com Git - biopieces.git/blob - bp_bin/join_seq
workied on pair wise aligner
[biopieces.git] / bp_bin / join_seq
1 #!/usr/bin/env ruby
2
3 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
4
5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
8 # of the License, or (at your option) any later version.
9
10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
13 # GNU General Public License for more details.
14
15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
16 # along with this program; if not, write to the Free Software
17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
18
19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
20
21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
22
23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
24
25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
26
27 # Join sequences in the stream.
28
29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
30
31 require 'maasha/biopieces'
32 require 'maasha/fasta'
33 require 'maasha/seq'
34
35 casts = []
36 casts << {:long=>'delimiter', :short=>'d', :type=>'string', :mandatory=>true, :default=>"", :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
37
38 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
39
40 sequences = []
41 seq = Seq.new(nil, "")
42
43 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
44   input.each_record do |record|
45     if record.has_key? :SEQ
46       unless seq.seq_name 
47         seq.seq_name = record[:SEQ_NAME]
48       end
49       sequences << record[:SEQ]
50     end
51
52     output.puts record
53   end
54
55   unless sequences.empty?
56     seq.seq = sequences.join(options[:delimiter].to_s)
57     new_record = seq.to_bp
58     new_record[:REC_TYPE] = "JOIN"
59     output.puts new_record
60   end
61 end
62
63
64 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
65
66
67 __END__