bp_bin/join_seq

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Join sequences in the stream.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'maasha/fasta'
  33 require 'maasha/seq'
  34
  35 casts = []
  36 casts << {:long=>'delimiter', :short=>'d', :type=>'string', :mandatory=>true, :default=>"", :allowed=>nil, :disallowed=>nil}
  37
  38 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  39
  40 sequences = []
  41 seq = Seq.new(nil, "")
  42
  43 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  44   input.each_record do |record|
  45     if record.has_key? :SEQ
  46       unless seq.seq_name
  47         seq.seq_name = record[:SEQ_NAME]
  48       end
  49       sequences << record[:SEQ]
  50     end
  51
  52     output.puts record
  53   end
  54
  55   unless sequences.empty?
  56     seq.seq = sequences.join(options[:delimiter].to_s)
  57     new_record = seq.to_bp
  58     new_record[:REC_TYPE] = "JOIN"
  59     output.puts new_record
  60   end
  61 end
  62
  63
  64 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  65
  66
  67 __END__