bp_bin/invert_align

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Inverts an alignment showing only non-mathing residues using the first sequence as reference.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::Align;
  32
  33 use constant {
  34     SEQ_NAME => 0,
  35     SEQ      => 1,
  36 };
  37
  38
  39 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  40
  41
  42 my ( $options, $in, $out, $record, @entries );
  43
  44 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  45     [
  46         { long => 'soft', short => 's', type => 'flag', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  47     ]
  48 );
  49
  50 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  51 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  52
  53 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  54 {
  55     if ( $record->{ "SEQ_NAME" } and $record->{ "SEQ" } )
  56     {
  57         push @entries, [ $record->{ "SEQ_NAME" }, $record->{ "SEQ" } ];
  58     }
  59     else
  60     {
  61         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  62     }
  63 }
  64
  65 Maasha::Align::align_invert( \@entries, $options->{ "soft" } );
  66
  67 map { Maasha::Biopieces::put_record( { SEQ_NAME => $_->[ SEQ_NAME ], SEQ => $_->[ SEQ ] }, $out ) } @entries;
  68
  69
  70 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  71
  72
  73 BEGIN
  74 {
  75     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
  76
  77     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
  78 }
  79
  80
  81 END
  82 {
  83     Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  84     Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  85
  86     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
  87
  88     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
  89 }
  90
  91
  92 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  93
  94
  95 __END__
  96