bp_bin/head_records

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Emit the only the first number of records in the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31
  32
  33 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  34
  35
  36 my ( $options, $in, $out, $record, $count );
  37
  38 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  39     [
  40         { long => 'num', short => 'n', type => 'uint', mandatory => 'no', default => 10, allowed => undef, disallowed => 0 },
  41     ]
  42 );
  43
  44 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  45 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  46
  47 $count = 0;
  48
  49 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  50 {
  51     $count++;
  52
  53     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  54
  55     last if $count == $options->{ "num" };
  56 }
  57
  58 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  59 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  60
  61
  62 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  63
  64
  65 BEGIN
  66 {
  67     Maasha::Biopieces::status_set();
  68 }
  69
  70
  71 END
  72 {
  73     Maasha::Biopieces::status_log();
  74 }
  75
  76
  77 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  78
  79
  80 __END__