bp_bin/grab

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Grab records in stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::Common;
  32 use Maasha::Patscan;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, $in, $out, $record, $keys, $vals_only, $keys_only, $invert,
  39      $patterns, $regex, %lookup_hash, $key, $op, $val, $found );
  40
  41 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  42     [
  43         { long => 'patterns',         short => 'p', type => 'list',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44         { long => 'patterns_in',      short => 'P', type => 'file!',  mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  45         { long => 'regex',            short => 'r', type => 'string', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  46         { long => 'eval',             short => 'e', type => 'string', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  47         { long => 'exact_in',         short => 'E', type => 'file!',  mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  48         { long => 'invert',           short => 'i', type => 'flag',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  49         { long => 'case_insensitive', short => 'c', type => 'flag',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  50         { long => 'keys',             short => 'k', type => 'list',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  51         { long => 'keys_only',        short => 'K', type => 'flag',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  52         { long => 'vals_only',        short => 'V', type => 'flag',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  53     ]
  54 );
  55
  56 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  57 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  58
  59 $keys      = $options->{ 'keys' };
  60 $vals_only = $options->{ 'vals_only' };
  61 $keys_only = $options->{ 'keys_only' };
  62 $invert    = $options->{ 'invert' };
  63
  64 if ( $options->{ 'patterns' } )
  65 {
  66     $patterns = $options->{ 'patterns' };
  67 }
  68 elsif ( defined $options->{ 'patterns_in' } and -f $options->{ 'patterns_in' } )
  69 {
  70     $patterns = Maasha::Patscan::read_patterns( $options->{ 'patterns_in' } );
  71 }
  72 elsif ( $options->{ 'regex' } )
  73 {
  74     if ( $options->{ 'case_insensitive' } ) {
  75         $regex = qr/$options->{ 'regex' }/i;
  76     } else {
  77         $regex = qr/$options->{ 'regex' }/;
  78     }
  79 }
  80 elsif ( defined $options->{ 'exact_in' } and -f $options->{ 'exact_in' } )
  81 {
  82     $patterns = Maasha::Patscan::read_patterns( $options->{ 'exact_in' } );
  83
  84     map { $lookup_hash{ $_ } = 1 } @{ $patterns };
  85
  86     undef $patterns;
  87 }
  88 elsif ( $options->{ 'eval' } )
  89 {
  90     if ( $options->{ 'eval' } =~ /^([^><=! ]+)\s*(>=|<=|>|<|==|=|!=|eq|ne)\s*(.+)$/ )
  91     {
  92         $key = $1;
  93         $op  = $2;
  94         $val = $3;
  95     }
  96     else
  97     {
  98         Maasha::Common::error( qq(Bad eval string: $options->{ 'eval' }) );
  99     }
 100 }
 101
 102 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
 103 {
 104     $found = 0;
 105
 106     if ( %lookup_hash ) {
 107         $found = grab_lookup( \%lookup_hash, $record, $keys, $vals_only, $keys_only );
 108     } elsif ( $patterns ) {
 109         $found = grab_patterns( $patterns, $record, $keys, $vals_only, $keys_only );
 110     } elsif ( $regex ) {
 111         $found = grab_regex( $regex, $record, $keys, $vals_only, $keys_only );
 112     } elsif ( $op ) {
 113         $found = grab_eval( $key, $op, $val, $record );
 114     }
 115
 116     if ( $found and not $invert ) {
 117         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
 118     } elsif ( not $found and $invert ) {
 119         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
 120     }
 121 }
 122
 123 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 124 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 125
 126
 127 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SUBROUTINES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 128
 129
 130 sub grab_lookup
 131 {
 132     # Martin A. Hansen, November 2009.
 133
 134     # Uses keys from a lookup hash to search records. Optionally, a list of
 135     # keys can be given so the lookup is limited to these, also, flags
 136     # can be given to limit lookup to keys or vals only. Returns 1 if lookup
 137     # succeeded, else 0.
 138
 139     my ( $lookup_hash,   # hashref with patterns
 140          $record,        # hashref
 141          $keys,          # list of keys   - OPTIONAL
 142          $vals_only,     # only vals flag - OPTIONAL
 143          $keys_only,     # only keys flag - OPTIONAL
 144        ) = @_;
 145
 146     # Returns boolean.
 147
 148     if ( $keys )
 149     {
 150         map { return 1 if exists $lookup_hash->{ $record->{ $_ } } } @{ $keys };
 151     }
 152     else
 153     {
 154         if ( not $vals_only ) {
 155             map { return 1 if exists $lookup_hash->{ $_ } } keys %{ $record };
 156         }
 157
 158         if ( not $keys_only ) {
 159             map { return 1 if exists $lookup_hash->{ $record->{ $_ } } } keys %{ $record };
 160         }
 161     }
 162
 163     return 0;
 164 }
 165
 166
 167 sub grab_patterns
 168 {
 169     # Martin A. Hansen, November 2009.
 170
 171     # Uses patterns to match records containing the pattern as a substring.
 172     # Returns 1 if the record is matched, else 0.
 173
 174     my ( $patterns,   # list of patterns
 175          $record,     # hashref
 176          $keys,       # list of keys   - OPTIONAL
 177          $vals_only,  # only vals flag - OPTIONAL
 178          $keys_only,  # only keys flag - OPTIONAL
 179        ) = @_;
 180
 181     # Returns boolean.
 182
 183     my ( $pattern );
 184
 185     foreach $pattern ( @{ $patterns } )
 186     {
 187         if ( $keys )
 188         {
 189             map { return 1 if index( $record->{ $_ }, $pattern ) >= 0 } @{ $keys };
 190         }
 191         else
 192         {
 193             if ( not $vals_only ) {
 194                 map { return 1 if index( $_, $pattern ) >= 0 } keys %{ $record };
 195             }
 196
 197             if ( not $keys_only ) {
 198                 map { return 1 if index( $record->{ $_ }, $pattern ) >= 0 } keys %{ $record };
 199             }
 200         }
 201     }
 202
 203     return 0;
 204 }
 205
 206
 207 sub grab_regex
 208 {
 209     # Martin A. Hansen, November 2009.
 210
 211     # Uses regex to match records.
 212     # Returns 1 if the record is matched, else 0.
 213
 214     my ( $regex,      # regex to match
 215          $record,     # hashref
 216          $keys,       # list of keys   - OPTIONAL
 217          $vals_only,  # only vals flag - OPTIONAL
 218          $keys_only,  # only keys flag - OPTIONAL
 219        ) = @_;
 220
 221     # Returns boolean.
 222
 223     if ( $keys )
 224     {
 225         map { return 1 if $record->{ $_ } =~ /$regex/ } @{ $keys };
 226     }
 227     else
 228     {
 229         if ( not $vals_only ) {
 230             map { return 1 if $_ =~ /$regex/ } keys %{ $record };
 231         }
 232
 233         if ( not $keys_only ) {
 234             map { return 1 if $record->{ $_ } =~ /$regex/ } keys %{ $record };
 235         }
 236     }
 237
 238     return 0;
 239 }
 240
 241
 242 sub grab_eval
 243 {
 244     # Martin A. Hansen, November 2009.
 245
 246     # Test if the value of a given record key evaluates according
 247     # to a given operator. Returns 1 if eval is OK, else 0.
 248
 249     my ( $key,     # record key
 250          $op,      # operator
 251          $val,     # value
 252          $record,  # hashref
 253        ) = @_;
 254
 255     # Returns boolean.
 256
 257     if ( defined $record->{ $key } )
 258     {
 259         return 1 if ( $op eq "<"  and $record->{ $key } <  $val );
 260         return 1 if ( $op eq ">"  and $record->{ $key } >  $val );
 261         return 1 if ( $op eq ">=" and $record->{ $key } >= $val );
 262         return 1 if ( $op eq "<=" and $record->{ $key } <= $val );
 263         return 1 if ( $op eq "="  and $record->{ $key } == $val );
 264         return 1 if ( $op eq "==" and $record->{ $key } == $val );
 265         return 1 if ( $op eq "!=" and $record->{ $key } != $val );
 266         return 1 if ( $op eq "eq" and $record->{ $key } eq $val );
 267         return 1 if ( $op eq "ne" and $record->{ $key } ne $val );
 268     }
 269
 270     return 0;
 271 }
 272
 273
 274 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 275
 276
 277 BEGIN
 278 {
 279     Maasha::Biopieces::status_set();
 280 }
 281
 282
 283 END
 284 {
 285     Maasha::Biopieces::status_log();
 286 }
 287
 288
 289 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 290
 291
 292 __END__