bp_bin/grab

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Grab records in stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Data::Dumper;
  32 use Maasha::Biopieces;
  33 use Maasha::Common;
  34 use Maasha::Patscan;
  35
  36
  37 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  38
  39
  40 my ( $options, $in, $out, $record, $keys, $vals_only, $keys_only, $invert,
  41      $patterns, $regex, %lookup_hash, $key, $op, $val, $found );
  42
  43 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  44     [
  45         { long => 'patterns',         short => 'p', type => 'list',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  46         { long => 'patterns_in',      short => 'P', type => 'file!',  mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  47         { long => 'regex',            short => 'r', type => 'string', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  48         { long => 'eval',             short => 'e', type => 'string', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  49         { long => 'exact_in',         short => 'E', type => 'file!',  mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  50         { long => 'invert',           short => 'i', type => 'flag',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  51         { long => 'case_insensitive', short => 'c', type => 'flag',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  52         { long => 'keys',             short => 'k', type => 'list',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  53         { long => 'keys_only',        short => 'K', type => 'flag',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  54         { long => 'vals_only',        short => 'V', type => 'flag',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  55     ]
  56 );
  57
  58 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  59 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  60
  61 $keys      = $options->{ 'keys' };
  62 $vals_only = $options->{ 'vals_only' };
  63 $keys_only = $options->{ 'keys_only' };
  64 $invert    = $options->{ 'invert' };
  65
  66 if ( $options->{ 'patterns' } )
  67 {
  68     $patterns = $options->{ 'patterns' };
  69 }
  70 elsif ( defined $options->{ 'patterns_in' } and -f $options->{ 'patterns_in' } )
  71 {
  72     $patterns = Maasha::Patscan::read_patterns( $options->{ 'patterns_in' } );
  73 }
  74 elsif ( $options->{ 'regex' } )
  75 {
  76     if ( $options->{ 'case_insensitive' } ) {
  77         $regex = qr/$options->{ 'regex' }/i;
  78     } else {
  79         $regex = qr/$options->{ 'regex' }/;
  80     }
  81 }
  82 elsif ( defined $options->{ 'exact_in' } and -f $options->{ 'exact_in' } )
  83 {
  84     $patterns = Maasha::Patscan::read_patterns( $options->{ 'exact_in' } );
  85
  86     map { $lookup_hash{ $_ } = 1 } @{ $patterns };
  87
  88     undef $patterns;
  89 }
  90 elsif ( $options->{ 'eval' } )
  91 {
  92     if ( $options->{ 'eval' } =~ /^([^><=! ]+)\s*(>=|<=|>|<|==|=|!=|eq|ne)\s*(.+)$/ )
  93     {
  94         $key = $1;
  95         $op  = $2;
  96         $val = $3;
  97     }
  98     else
  99     {
 100         Maasha::Common::error( qq(Bad eval string: $options->{ 'eval' }) );
 101     }
 102 }
 103
 104 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
 105 {
 106     $found = 0;
 107
 108     if ( %lookup_hash ) {
 109         $found = grab_lookup( \%lookup_hash, $record, $keys, $vals_only, $keys_only );
 110     } elsif ( $patterns ) {
 111         $found = grab_patterns( $patterns, $record, $keys, $vals_only, $keys_only );
 112     } elsif ( $regex ) {
 113         $found = grab_regex( $regex, $record, $keys, $vals_only, $keys_only );
 114     } elsif ( $op ) {
 115         $found = grab_eval( $key, $op, $val, $record );
 116     }
 117
 118     if ( $found and not $invert ) {
 119         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
 120     } elsif ( not $found and $invert ) {
 121         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
 122     }
 123 }
 124
 125 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 126 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 127
 128
 129 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SUBROUTINES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 130
 131
 132 sub grab_lookup
 133 {
 134     # Martin A. Hansen, November 2009.
 135
 136     # Uses keys from a lookup hash to search records. Optionally, a list of
 137     # keys can be given so the lookup is limited to these, also, flags
 138     # can be given to limit lookup to keys or vals only. Returns 1 if lookup
 139     # succeeded, else 0.
 140
 141     my ( $lookup_hash,   # hashref with patterns
 142          $record,        # hashref
 143          $keys,          # list of keys   - OPTIONAL
 144          $vals_only,     # only vals flag - OPTIONAL
 145          $keys_only,     # only keys flag - OPTIONAL
 146        ) = @_;
 147
 148     # Returns boolean.
 149
 150     if ( $keys )
 151     {
 152         map { return 1 if exists $lookup_hash->{ $record->{ $_ } } } @{ $keys };
 153     }
 154     else
 155     {
 156         if ( not $vals_only ) {
 157             map { return 1 if exists $lookup_hash->{ $_ } } keys %{ $record };
 158         }
 159
 160         if ( not $keys_only ) {
 161             map { return 1 if exists $lookup_hash->{ $record->{ $_ } } } keys %{ $record };
 162         }
 163     }
 164
 165     return 0;
 166 }
 167
 168
 169 sub grab_patterns
 170 {
 171     # Martin A. Hansen, November 2009.
 172
 173     # Uses patterns to match records containing the pattern as a substring.
 174     # Returns 1 if the record is matched, else 0.
 175
 176     my ( $patterns,   # list of patterns
 177          $record,     # hashref
 178          $keys,       # list of keys   - OPTIONAL
 179          $vals_only,  # only vals flag - OPTIONAL
 180          $keys_only,  # only keys flag - OPTIONAL
 181        ) = @_;
 182
 183     # Returns boolean.
 184
 185     my ( $pattern, $key );
 186
 187     foreach $pattern ( @{ $patterns } )
 188     {
 189         if ( $keys )
 190         {
 191             foreach $key ( @{ $keys } )
 192             {
 193                 return 0 if not exists $record->{ $key };
 194                 return 1 if index( $record->{ $key }, $pattern ) >= 0;
 195             }
 196         }
 197         else
 198         {
 199             if ( not $vals_only ) {
 200                 map { return 1 if index( $_, $pattern ) >= 0 } keys %{ $record };
 201             }
 202
 203             if ( not $keys_only ) {
 204                 map { return 1 if index( $record->{ $_ }, $pattern ) >= 0 } keys %{ $record };
 205             }
 206         }
 207     }
 208
 209     return 0;
 210 }
 211
 212
 213 sub grab_regex
 214 {
 215     # Martin A. Hansen, November 2009.
 216
 217     # Uses regex to match records.
 218     # Returns 1 if the record is matched, else 0.
 219
 220     my ( $regex,      # regex to match
 221          $record,     # hashref
 222          $keys,       # list of keys   - OPTIONAL
 223          $vals_only,  # only vals flag - OPTIONAL
 224          $keys_only,  # only keys flag - OPTIONAL
 225        ) = @_;
 226
 227     # Returns boolean.
 228
 229     if ( $keys )
 230     {
 231         map { return 1 if exists $record->{ $_ } and $record->{ $_ } =~ /$regex/ } @{ $keys };
 232     }
 233     else
 234     {
 235         if ( not $vals_only ) {
 236             map { return 1 if $_ =~ /$regex/ } keys %{ $record };
 237         }
 238
 239         if ( not $keys_only ) {
 240             map { return 1 if $record->{ $_ } =~ /$regex/ } keys %{ $record };
 241         }
 242     }
 243
 244     return 0;
 245 }
 246
 247
 248 sub grab_eval
 249 {
 250     # Martin A. Hansen, November 2009.
 251
 252     # Test if the value of a given record key evaluates according
 253     # to a given operator. Returns 1 if eval is OK, else 0.
 254
 255     my ( $key,     # record key
 256          $op,      # operator
 257          $val,     # value
 258          $record,  # hashref
 259        ) = @_;
 260
 261     # Returns boolean.
 262
 263     if ( defined $record->{ $key } )
 264     {
 265         return 1 if ( $op eq "<"  and $record->{ $key } <  $val );
 266         return 1 if ( $op eq ">"  and $record->{ $key } >  $val );
 267         return 1 if ( $op eq ">=" and $record->{ $key } >= $val );
 268         return 1 if ( $op eq "<=" and $record->{ $key } <= $val );
 269         return 1 if ( $op eq "="  and $record->{ $key } == $val );
 270         return 1 if ( $op eq "==" and $record->{ $key } == $val );
 271         return 1 if ( $op eq "!=" and $record->{ $key } != $val );
 272         return 1 if ( $op eq "eq" and $record->{ $key } eq $val );
 273         return 1 if ( $op eq "ne" and $record->{ $key } ne $val );
 274     }
 275
 276     return 0;
 277 }
 278
 279
 280 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 281
 282
 283 BEGIN
 284 {
 285     Maasha::Biopieces::status_set();
 286 }
 287
 288
 289 END
 290 {
 291     Maasha::Biopieces::status_log();
 292 }
 293
 294
 295 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 296
 297
 298 __END__