bp_bin/get_genome_phastcons

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Extract phastcons scores from a specified genome.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::Filesys;
  32 use Maasha::UCSC;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $run_time_beg, $run_time_end, $options, $in, $out, $phastcons_file, $phastcons_index, $index, $fh_phastcons, $scores, $record );
  39
  40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  41     [
  42         { long => 'genome', short => 'g', type => 'genome', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43         { long => 'chr',    short => 'c', type => 'string', mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44         { long => 'beg',    short => 'b', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => 0 },
  45         { long => 'end',    short => 'e', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => 0 },
  46         { long => 'len',    short => 'l', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => 0 },
  47         { long => 'flank',  short => 'f', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => 0,     allowed => undef, disallowed => undef },
  48     ]
  49 );
  50
  51 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  52 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  53
  54 $phastcons_file  = "$ENV{ 'BP_DATA' }/genomes/$options->{ 'genome' }/phastcons/$options->{ 'genome' }.pp";
  55 $phastcons_index = "$ENV{ 'BP_DATA' }/genomes/$options->{ 'genome' }/phastcons/$options->{ 'genome' }.pp.index";
  56
  57 $index           = Maasha::UCSC::fixedstep_index_retrieve( $phastcons_index );
  58 $fh_phastcons    = Maasha::Filesys::file_read_open( $phastcons_file );
  59
  60 if ( defined $options->{ "chr" } and defined $options->{ "beg" } and ( defined $options->{ "end" } or defined $options->{ "len" } ) )
  61 {
  62     $options->{ "beg" } -= 1;   # request is 1-based
  63     $options->{ "end" } -= 1;   # request is 1-based
  64
  65     if ( $options->{ "len" } ) {
  66         $options->{ "end" } = $options->{ "beg" } + $options->{ "len" } - 1;
  67     }
  68
  69     $scores = Maasha::UCSC::fixedstep_index_lookup( $index, $fh_phastcons, $options->{ "chr" }, $options->{ "beg" }, $options->{ "end" }, $options->{ "flank" } );
  70
  71     $record->{ "CHR" }       = $options->{ "chr" };
  72     $record->{ "CHR_BEG" }   = $options->{ "beg" } - $options->{ "flank" };
  73     $record->{ "CHR_END" }   = $options->{ "end" } + $options->{ "flank" };
  74
  75     $record->{ "PHASTCONS" }   = join ",", @{ $scores };
  76     $record->{ "PHAST_COUNT" } = scalar @{ $scores };  # DEBUG
  77
  78     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  79 }
  80
  81 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  82 {
  83     if ( $record->{ "REC_TYPE" } eq "BED" )
  84     {
  85         $scores = Maasha::UCSC::fixedstep_index_lookup( $index, $fh_phastcons, $record->{ "CHR" }, $record->{ "CHR_BEG" }, $record->{ "CHR_END" }, $options->{ "flank" } );
  86     }
  87     elsif ( $record->{ "REC_TYPE" } eq "PSL" )
  88     {
  89         $scores = Maasha::UCSC::fixedstep_index_lookup( $index, $fh_phastcons, $record->{ "S_ID" }, $record->{ "S_BEG" }, $record->{ "S_END" }, $options->{ "flank" } );
  90     }
  91     elsif ( $record->{ "REC_TYPE" } eq "BLAST" )
  92     {
  93         $scores = Maasha::UCSC::fixedstep_index_lookup( $index, $fh_phastcons, $record->{ "S_ID" }, $record->{ "S_BEG" }, $record->{ "S_END" }, $options->{ "flank" } );
  94     }
  95
  96     $record->{ "PHASTCONS" } = join ",", @{ $scores } if @{ $scores };
  97 #    $record->{ "PHAST_COUNT" } = @{ $scores } if @{ $scores };  # DEBUG
  98
  99     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
 100 }
 101
 102 close $fh_phastcons if $fh_phastcons;
 103
 104
 105 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 106
 107
 108 BEGIN
 109 {
 110     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
 111
 112     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
 113 }
 114
 115
 116 END
 117 {
 118     Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 119     Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 120
 121     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
 122
 123     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
 124 }
 125
 126
 127 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 128
 129
 130 __END__
 131