bp_bin/get_genome_align

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Extract alignments from a multiple genome alignment.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::Common;
  32 use Maasha::UCSC;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, $in, $out, $record, $tmp_dir, $maf_track, $align, $align_num, $beg, $end, $len, $entry );
  39
  40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  41     [
  42         { long => 'genome', short => 'g', type => 'genome', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43         { long => 'chr',    short => 'c', type => 'string', mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  44         { long => 'beg',    short => 'b', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => 0     },
  45         { long => 'end',    short => 'e', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => 0     },
  46         { long => 'len',    short => 'l', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => 0     },
  47         { long => 'strand', short => 's', type => 'string', mandatory => 'no',  default => '+',   allowed => '+,-', disallowed => undef },
  48     ]
  49 );
  50
  51 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  52 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  53
  54 $tmp_dir = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
  55
  56 $align_num = 1;
  57
  58 $maf_track = maf_track( $options->{ "genome" } );
  59
  60 if ( $options->{ "chr" } and $options->{ "beg" } and ( $options->{ "end" } or $options->{ "len" } ) )
  61 {
  62     $beg = $options->{ "beg" } - 1;
  63
  64     if ( $options->{ "end" } ) {
  65         $end = $options->{ "end" };
  66     } elsif ( $options->{ "len" } ) {
  67         $end = $beg + $options->{ "len" };
  68     }
  69
  70     $align = Maasha::UCSC::maf_extract( $tmp_dir, $options->{ "genome" }, $maf_track, $options->{ "chr" }, $beg, $end, $options->{ "strand" } );
  71
  72     foreach $entry ( @{ $align } )
  73     {
  74         $entry->{ "CHR" }     = $record->{ "CHR" };
  75         $entry->{ "CHR_BEG" } = $record->{ "CHR_BEG" };
  76         $entry->{ "CHR_END" } = $record->{ "CHR_END" };
  77         $entry->{ "STRAND" }  = $record->{ "STRAND" } || '+';
  78         $entry->{ "Q_ID" }    = $record->{ "Q_ID" };
  79         $entry->{ "SCORE" }   = $record->{ "SCORE" };
  80
  81         Maasha::Biopieces::put_record( $entry, $out );
  82     }
  83 }
  84
  85 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  86 {
  87     if ( $record->{ "REC_TYPE" } eq "BED" )
  88     {
  89         $align = Maasha::UCSC::maf_extract( $tmp_dir, $options->{ "genome" }, $maf_track, $record->{ "CHR" }, $record->{ "CHR_BEG" }, $record->{ "CHR_END" }, $record->{ "STRAND" } );
  90     }
  91     elsif ( $record->{ "REC_TYPE" } eq "VMATCH" )
  92     {
  93         $align = Maasha::UCSC::maf_extract( $tmp_dir, $options->{ "genome" }, $maf_track, $record->{ "S_ID" }, $record->{ "S_BEG" }, $record->{ "S_END" } + 1, $record->{ "STRAND" } );
  94     }
  95     elsif ( $record->{ "REC_TYPE" } eq "PSL" )
  96     {
  97         $align = Maasha::UCSC::maf_extract( $tmp_dir, $options->{ "genome" }, $maf_track, $record->{ "S_ID" }, $record->{ "S_BEG" }, $record->{ "S_END" }, $record->{ "STRAND" } );
  98     }
  99     elsif ( $record->{ "REC_TYPE" } eq "BLAST" )
 100     {
 101         $align = Maasha::UCSC::maf_extract( $tmp_dir, $options->{ "genome" }, $maf_track, $record->{ "S_ID" }, $record->{ "S_BEG" }, $record->{ "S_END" }, $record->{ "STRAND" } );
 102     }
 103
 104     foreach $entry ( @{ $align } )
 105     {
 106         $entry->{ "CHR" }     = $record->{ "CHR" };
 107         $entry->{ "CHR_BEG" } = $record->{ "CHR_BEG" };
 108         $entry->{ "CHR_END" } = $record->{ "CHR_END" };
 109         $entry->{ "STRAND" }  = $record->{ "STRAND" };
 110         $entry->{ "Q_ID" }    = $record->{ "Q_ID" };
 111         $entry->{ "SCORE" }   = $record->{ "SCORE" };
 112
 113         Maasha::Biopieces::put_record( $entry, $out );
 114     }
 115
 116     $align_num++;
 117 }
 118
 119 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 120 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 121
 122
 123 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SUBROUTINES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 124
 125
 126 sub maf_track
 127 {
 128     # Martin A. Hansen, April 2008.
 129
 130     # Given a genome returns the corresponding mafTrack database table name.
 131
 132     my ( $genome,   # genome to lookup.
 133        ) = @_;
 134
 135     # Returns a string.
 136
 137     my ( %hash );
 138
 139     # The below has should be in a config file - fix later.
 140
 141     %hash = (
 142         danRer4 => 'multiz7way',
 143         dm2     => 'multiz15way',
 144         dm3     => 'multiz15way',
 145         fr2     => 'multiz7way',
 146         galGal3 => 'multiz7way',
 147         gasAcu1 => 'multiz7way',
 148         hg18    => 'multiz17way',
 149         mm8     => 'multiz17way',
 150         mm9     => 'multiz17way',
 151         oryLat1 => 'multiz7way',
 152         panTro2 => 'multiz17way',
 153         tetNig1 => 'multiz7way',
 154     );
 155
 156     Maasha::Common::error( qw(multiz track not found) ) if not exists $hash{ $genome };
 157
 158     return $hash{ $genome };
 159 }
 160
 161
 162 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 163
 164
 165 BEGIN
 166 {
 167     Maasha::Biopieces::status_set();
 168 }
 169
 170
 171 END
 172 {
 173     Maasha::Biopieces::status_log();
 174 }
 175
 176
 177 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 178
 179
 180 __END__