bp_bin/get_fixedstep

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Extract fixedstep scores from an indexed fixedstep file.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Data::Dumper;
  32 use Maasha::Biopieces;
  33 use Maasha::Filesys;
  34 use Maasha::Calc;
  35 use Maasha::UCSC::Wiggle;
  36
  37
  38 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  39
  40
  41 my ( $options, $in, $out, $index, $fh, $record, $new_record, $subindex, $entry, $scores );
  42
  43 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  44     [
  45         { long => 'index', short => 'i', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  46         { long => 'chr',   short => 'c', type => 'string', mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  47         { long => 'beg',   short => 'b', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => 0 },
  48         { long => 'end',   short => 'e', type => 'uint',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => 0 },
  49     ]
  50 );
  51
  52 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  53 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  54
  55 $index = Maasha::UCSC::Wiggle::fixedstep_index_retrieve( $options->{ 'index' } . ".index" );
  56
  57 $fh = Maasha::Filesys::file_read_open( $options->{ 'index' } . ".wig" );
  58
  59 if ( $options->{ 'chr' } and exists $index->{ $options->{ 'chr' } } )
  60 {
  61     $subindex = Maasha::UCSC::Wiggle::fixedstep_index_lookup( $index, $options->{ 'chr' }, $options->{ 'beg' }, $options->{ 'end' } );
  62
  63     foreach $entry ( @{ $subindex } )
  64     {
  65         $scores = get_scores( $fh, $entry->{ 'INDEX_BEG' }, $entry->{ 'INDEX_LEN' } );
  66
  67         if ( $options->{ 'beg' } > $entry->{ 'CHR_BEG' } ) {
  68             $scores = [ @{ $scores }[ ( $options->{ 'beg' } - $entry->{ 'CHR_BEG' } ) .. scalar @{ $scores } - 1 ] ];
  69         }
  70
  71         if ( $options->{ 'end' } < $entry->{ 'CHR_END' } ) {
  72             $scores = [ @{ $scores }[ 0 .. ( $options->{ 'end' } - $options->{ 'beg' } ) ] ];
  73         }
  74
  75         $new_record->{ 'REC_TYPE' } = 'fixed_step';
  76         $new_record->{ 'STEP' }     = 1;
  77         $new_record->{ 'CHR' }      = $options->{ 'chr' };
  78         $new_record->{ 'CHR_BEG' }  = Maasha::Calc::max( $options->{ 'beg' }, $entry->{ 'CHR_BEG' } );
  79         $new_record->{ 'VALS' }     = join ";", @{ $scores };
  80
  81         Maasha::Biopieces::put_record( $new_record, $out );
  82     }
  83 }
  84
  85
  86 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  87 {
  88     if ( $record->{ 'CHR' } and $record->{ 'CHR_BEG' } and $record->{ 'CHR_END' } )
  89     {
  90         if ( exists $index->{ $record->{ 'CHR' } } )
  91         {
  92             $subindex = Maasha::UCSC::Wiggle::fixedstep_index_lookup( $index, $record->{ 'CHR' }, $record->{ 'CHR_BEG' }, $record->{ 'CHR_END' } );
  93
  94             foreach $entry ( @{ $subindex } )
  95             {
  96                 $scores = get_scores( $fh, $entry->{ 'INDEX_BEG' }, $entry->{ 'INDEX_LEN' } );
  97
  98                 if ( $record->{ 'CHR_BEG' } > $entry->{ 'CHR_BEG' } ) {
  99                     $scores = [ @{ $scores }[ ( $record->{ 'CHR_BEG' } - $entry->{ 'CHR_BEG' } ) .. scalar @{ $scores } - 1 ] ];
 100                 }
 101
 102                 if ( $record->{ 'CHR_END' } < $entry->{ 'CHR_END' } ) {
 103                     $scores = [ @{ $scores }[ 0 .. ( $record->{ 'CHR_END' } - $record->{ 'CHR_BEG' } ) ] ];
 104                 }
 105
 106                 $new_record->{ 'REC_TYPE' } = 'fixed_step';
 107                 $new_record->{ 'STEP' }     = 1;
 108                 $new_record->{ 'CHR' }      = $record->{ 'CHR' };
 109                 $new_record->{ 'CHR_BEG' }  = Maasha::Calc::max( $record->{ 'CHR_BEG' }, $entry->{ 'CHR_BEG' } );
 110                 $new_record->{ 'VALS' }     = join ";", @{ $scores };
 111
 112                 Maasha::Biopieces::put_record( $new_record, $out );
 113             }
 114         }
 115     }
 116 }
 117
 118 close $fh;
 119
 120 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 121 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 122
 123
 124 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 125
 126
 127 sub get_scores
 128 {
 129     # Martin A. Hansen, June 2010.
 130
 131     # Get scores from a fixedstep file based on index
 132     # offset and length.
 133
 134     my ( $fh,       # filehandle to fixedstep file
 135          $offset,   # file offset
 136          $len,      # length
 137        ) = @_;
 138
 139     # Returns a list.
 140
 141     my ( $block, @scores );
 142
 143     $block = Maasha::Filesys::file_read( $fh, $offset, $len );
 144
 145     @scores = split "\n", $block;
 146
 147     return wantarray ? @scores : \@scores;
 148 }
 149
 150
 151 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 152
 153
 154 BEGIN
 155 {
 156     Maasha::Biopieces::status_set();
 157 }
 158
 159
 160 END
 161 {
 162     Maasha::Biopieces::status_log();
 163 }
 164
 165
 166 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 167
 168
 169 __END__