bp_bin/format_genome

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Format a genome creating specified indexes.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Fasta;
  32 use Maasha::Biopieces;
  33 use Maasha::NCBI;
  34 use Maasha::Match;
  35 use Maasha::UCSC;
  36
  37
  38 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  39
  40
  41 my ( $default, $formats, $options, $in, $out, $record, $data_out, $entry,
  42      $genome, $dir, $fasta_dir, $phastcons_dir, $fh_out, $vals, $format, $tmp_dir );
  43
  44 $tmp_dir = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
  45 $default = $ENV{ 'BP_DATA' };
  46 $formats = 'fasta,blast,vmatch,bowtie,phastcons';
  47
  48 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  49     [
  50         { long => 'no_stream', short => 'x', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,    disallowed => undef },
  51         { long => 'dir',       short => 'd', type => 'dir!',   mandatory => 'no',  default => $default, allowed => undef,    disallowed => undef },
  52         { long => 'genome',    short => 'g', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef,    allowed => undef,    disallowed => undef },
  53         { long => 'formats',   short => 'f', type => 'list',   mandatory => 'yes', default => undef,    allowed => $formats, disallowed => '0' },
  54     ]
  55 );
  56
  57 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  58 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  59
  60 $dir    = $options->{ 'dir' };
  61 $genome = $options->{ 'genome' };
  62
  63 Maasha::Filesys::dir_create_if_not_exists( "$dir/genomes" );
  64 Maasha::Filesys::dir_create_if_not_exists( "$dir/genomes/$genome" );
  65
  66 if ( grep { $_ =~ /fasta|blast|vmatch|bowtie/i } @{ $options->{ "formats" } } )
  67 {
  68     if ( -f "$dir/genomes/$genome/fasta/$genome.fna" )
  69     {
  70         $fasta_dir = "$dir/genomes/$genome/fasta";
  71     }
  72     else
  73     {
  74         Maasha::Filesys::dir_create_if_not_exists( "$dir/genomes/$genome/fasta" );
  75
  76         $fasta_dir = "$dir/genomes/$genome/fasta";
  77
  78         $fh_out = Maasha::Filesys::file_write_open( "$fasta_dir/$genome.fna" );
  79     }
  80 }
  81 elsif ( grep { $_ =~ /phastcons/i } @{ $options->{ "formats" } } )
  82 {
  83     Maasha::Filesys::dir_create_if_not_exists( "$dir/genomes/$genome/phastcons" );
  84
  85     $phastcons_dir = "$dir/genomes/$genome/phastcons";
  86
  87     $fh_out = Maasha::Filesys::file_write_open( "$phastcons_dir/$genome.pp" );
  88 }
  89
  90 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  91 {
  92     if ( $fh_out and $entry = Maasha::Fasta::biopiece2fasta( $record ) )
  93     {
  94         Maasha::Fasta::put_entry( $entry, $fh_out );
  95     }
  96     elsif ( $fh_out and $record->{ "CHR" } and $record->{ "CHR_BEG" } and $record->{ "STEP" } and $record->{ "VALS" } )
  97     {
  98         print $fh_out "fixedStep chrom=$record->{ 'CHR' } start=$record->{ 'CHR_BEG' } step=$record->{ 'STEP' }\n";
  99
 100         $vals = $record->{ 'VALS' };
 101
 102         $vals =~ tr/,/\n/;
 103
 104         print $fh_out "$vals\n";
 105     }
 106
 107     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
 108 }
 109
 110 foreach $format ( @{ $options->{ 'formats' } } )
 111 {
 112     print STDERR qq(Creating format: $format for $genome ... ) if $options->{ 'verbose' };
 113
 114     if    ( $format =~ /^fasta$/i )     { Maasha::Fasta::fasta_index( "$fasta_dir/$genome.fna", "$dir/genomes/$genome/fasta/$genome.index" ) }
 115     elsif ( $format =~ /^blast$/i )     { Maasha::NCBI::blast_index( "$genome.fna", $fasta_dir, "$dir/genomes/$genome/blast", "dna", $genome ) }
 116     elsif ( $format =~ /^blat$/i )      { warn "BLAT FORMAT NOT IMPLEMENTED" }
 117     elsif ( $format =~ /^vmatch$/i )    { Maasha::Match::vmatch_index( "$genome.fna", $fasta_dir, "$dir/genomes/$genome/vmatch", $tmp_dir ) }
 118     elsif ( $format =~ /^bowtie$/i )    { bowtie_index( "$fasta_dir/$genome.fna", "$dir/genomes/$genome/bowtie", $genome, $options->{ 'verbose' } ) }
 119     elsif ( $format =~ /^phastcons$/i ) { Maasha::UCSC::phastcons_index( "$genome.pp", $phastcons_dir ) }
 120
 121     print STDERR qq(done.\n) if $options->{ 'verbose' };
 122 }
 123
 124 close $fh_out if $fh_out;
 125
 126 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 127 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 128
 129
 130 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> SUBROUTINES <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 131
 132
 133 sub bowtie_index
 134 {
 135     # Martin A. Hansen, July 2009.
 136
 137     # Create a bowtie index for fast sequence mapping.
 138
 139     my ( $src_file,   # filename of source file
 140          $dst_dir,    # destination dir to store index
 141          $base_name,  # base name of index
 142          $verbose,    # verbose flag
 143        ) = @_;
 144
 145     Maasha::Filesys::dir_create_if_not_exists( $dst_dir );
 146
 147     if ( $verbose ) {
 148         Maasha::Common::run( "bowtie-build", "$src_file $dst_dir/$base_name" );
 149     } else {
 150         Maasha::Common::run( "bowtie-build", "$src_file $dst_dir/$base_name > /dev/null 2>&1" );
 151     }
 152 }
 153
 154
 155 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 156
 157
 158 BEGIN
 159 {
 160     Maasha::Biopieces::status_set();
 161 }
 162
 163
 164 END
 165 {
 166     Maasha::Biopieces::status_log();
 167 }
 168
 169
 170 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 171
 172
 173 __END__