bp_bin/fold_seq

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Fold sequences in stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31
  32
  33 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  34
  35
  36 my ( $options, $in, $out, $record, $type, $struct, $index );
  37
  38 $options = Maasha::Biopieces::parse_options();
  39
  40 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  41 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  42
  43 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  44 {
  45     if ( $record->{ "SEQ" } )
  46     {
  47         if ( not $type ) {
  48             $type = Maasha::Seq::seq_guess_type( $record->{ "SEQ" } );
  49         }
  50
  51         if ( $type ne "protein" )
  52         {
  53             ( $struct, $index ) = Maasha::Seq::fold_struct_rnafold( $record->{ "SEQ" } );
  54             $record->{ "SEC_STRUCT" }  = $struct;
  55             $record->{ "FREE_ENERGY" } = $index;
  56             $record->{ "SCORE" }       = abs int $index;
  57             $record->{ "SIZE" }        = length $struct;
  58             $record->{ "CONF" }        = "1," x $record->{ "SIZE" };
  59         }
  60     }
  61
  62     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  63 }
  64
  65 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  66 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  67
  68
  69 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  70
  71
  72 BEGIN
  73 {
  74     Maasha::Biopieces::status_set();
  75 }
  76
  77
  78 END
  79 {
  80     Maasha::Biopieces::status_log();
  81 }
  82
  83
  84 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  85
  86
  87 __END__