bp_bin/flip_tab

   1 #!/usr/bin/env perl -w
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Flip table records so rows becomes columns and visa versa.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use strict;
  30 use Maasha::Biopieces;
  31 use Maasha::Matrix;
  32
  33
  34 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  35
  36
  37 my ( $options, $in, $out, $record, $key, $A, $B, @rows, @matrix, $row, $i );
  38
  39 $options = Maasha::Biopieces::parse_options();
  40
  41 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  42 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  43
  44 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  45 {
  46     undef @rows;
  47
  48     foreach $key ( sort { $A = $a; $B = $b; $A =~ s/^V(\d+)$/$1/; $B =~ s/^V(\d+)$/$1/; $A <=> $B } keys %{ $record } )
  49     {
  50         push @rows, $record->{ $key };
  51
  52     }
  53
  54     push @matrix, [ @rows ];
  55 }
  56
  57 undef $record;
  58
  59 @matrix = Maasha::Matrix::matrix_flip( \@matrix );
  60
  61 foreach $row ( @matrix )
  62 {
  63     for ( $i = 0; $i < @{ $row }; $i++ ) {
  64         $record->{ "V$i" } = $row->[ $i ];
  65     }
  66
  67     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  68 }
  69
  70
  71 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  72
  73
  74 BEGIN
  75 {
  76     $run_time_beg = Maasha::Biopieces::run_time();
  77
  78     Maasha::Biopieces::log_biopiece();
  79 }
  80
  81 END
  82 {
  83     Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  84     Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  85
  86     $run_time_end = Maasha::Biopieces::run_time();
  87
  88     Maasha::Biopieces::run_time_print( $run_time_beg, $run_time_end, $options );
  89 }
  90
  91
  92 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  93
  94
  95 __END__