bp_bin/find_mids

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 #
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31
  32 require 'biopieces'
  33 require 'pp'
  34
  35 mids = %w{ ACGAGTGCGT ACGCTCGACA AGACGCACTC AGCACTGTAG ATCAGACACG
  36            ATATCGCGAG CGTGTCTCTA CTCGCGTGTC TAGTATCAGC TCTCTATGCG
  37            TGATACGTCT TACTGAGCTA CATAGTAGTG CGAGAGATAC ATACGACGTA
  38            TCACGTACTA CGTCTAGTAC TCTACGTAGC TGTACTACTC ACGACTACAG
  39            CGTAGACTAG TACGAGTATG TACTCTCGTG TAGAGACGAG TCGTCGCTCG
  40            ACATACGCGT ACGCGAGTAT ACTACTATGT ACTGTACAGT AGACTATACT
  41            AGCGTCGTCT AGTACGCTAT ATAGAGTACT CACGCTACGT CAGTAGACGT
  42            CGACGTGACT TACACACACT TACACGTGAT TACAGATCGT TACGCTGTCT
  43            TAGTGTAGAT TCGATCACGT TCGCACTAGT TCTAGCGACT TCTATACTAT
  44            TGACGTATGT TGTGAGTAGT ACAGTATATA ACGCGATCGA ACTAGCAGTA
  45            AGCTCACGTA AGTATACATA AGTCGAGAGA AGTGCTACGA CGATCGTATA
  46            CGCAGTACGA CGCGTATACA CGTACAGTCA CGTACTCAGA CTACGCTCTA
  47            CTATAGCGTA TACGTCATCA TAGTCGCATA TATATATACA TATGCTAGTA
  48            TCACGCGAGA TCGATAGTGA TCGCTGCGTA TCTGACGTCA TGAGTCAGTA
  49            TGTAGTGTGA TGTCACACGA TGTCGTCGCA ACACATACGC ACAGTCGTGC
  50            ACATGACGAC ACGACAGCTC ACGTCTCATC ACTCATCTAC ACTCGCGCAC
  51            AGAGCGTCAC AGCGACTAGC AGTAGTGATC AGTGACACAC AGTGTATGTC
  52            ATAGATAGAC ATATAGTCGC ATCTACTGAC CACGTAGATC CACGTGTCGC
  53            CATACTCTAC CGACACTATC CGAGACGCGC CGTATGCGAC CGTCGATCTC
  54            CTACGACTGC CTAGTCACTC CTCTACGCTC CTGTACATAC TAGACTGCAC
  55            TAGCGCGCGC TAGCTCTATC TATAGACATC TATGATACGC TCACTCATAC
  56            TCATCGAGTC TCGAGCTCTC TCGCAGACAC TCTGTCTCGC TGAGTGACGC
  57            TGATGTGTAC TGCTATAGAC TGCTCGCTAC ACGTGCAGCG ACTCACAGAG
  58            AGACTCAGCG AGAGAGTGTG AGCTATCGCG AGTCTGACTG AGTGAGCTCG
  59            ATAGCTCTCG ATCACGTGCG ATCGTAGCAG ATCGTCTGTG ATGTACGATG
  60            ATGTGTCTAG CACACGATAG CACTCGCACG CAGACGTCTG CAGTACTGCG
  61            CGACAGCGAG CGATCTGTCG CGCGTGCTAG CGCTCGAGTG CGTGATGACG
  62            CTATGTACAG CTCGATATAG CTCGCACGCG CTGCGTCACG CTGTGCGTCG
  63            TAGCATACTG TATACATGTG TATCACTCAG TATCTGATAG TCGTGACATG
  64            TCTGATCGAG TGACATCTCG TGAGCTAGAG TGATAGAGCG TGCGTGTGCG
  65            TGCTAGTCAG TGTATCACAG TGTGCGCGTG
  66 }
  67
  68 count_hash = Hash.new { |hash, key| hash[key] = 0 }
  69 mid_hash   = {}
  70
  71 mids.each_with_index do |mid, i|
  72   mid_hash[mid] = true
  73 end
  74
  75 casts = []
  76
  77 bp = Biopieces.new
  78
  79 options = bp.parse(ARGV, casts)
  80
  81 bp.each_record do |record|
  82   if record.has_key? :SEQ
  83     if mid_hash.has_key? record[:SEQ][4 ... 14]
  84       count_hash[record[:SEQ][4 ... 14]] += 1
  85     end
  86   end
  87   bp.puts record
  88 end
  89
  90 mids.each_with_index do |mid, i|
  91   if count_hash[mid] > 0
  92     record = {}
  93     record[:REC_TYPE]  = "MID"
  94     record[:MID_NUM]   = i + 1
  95     record[:MID_COUNT] = count_hash[mid]
  96     record[:MID_SEQ]   = mid
  97     bp.puts record
  98   end
  99 end
 100
 101 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 102
 103
 104 __END__